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万見
- PDB-3a31: Crystal structure of putative threonyl-tRNA synthetase ThrRS-1 fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a31
タイトルCrystal structure of putative threonyl-tRNA synthetase ThrRS-1 from Aeropyrum pernix (selenomethionine derivative)
要素Probable threonyl-tRNA synthetase 1
キーワードLIGASE / threonyl-tRNA synthetase / Aeropyrum pernix K1 / protein biosynthesis / Aminoacyl-tRNA synthetase / ATP-binding / Metal-binding / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


threonine-tRNA ligase / threonyl-tRNA aminoacylation / threonine-tRNA ligase activity / tRNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Threonine-tRNA ligase, class IIa / Threonine-tRNA ligase catalytic core domain / Anticodon-binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 ...Threonine-tRNA ligase, class IIa / Threonine-tRNA ligase catalytic core domain / Anticodon-binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Threonine--tRNA ligase catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Aeropyrum pernix (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Shimizu, S. / Juan, E.C.M. / Miyashita, Y. / Sato, Y. / Hoque, M.M. / Suzuki, K. / Yogiashi, M. / Tsunoda, M. / Dock-Bregeon, A.-C. / Moras, D. ...Shimizu, S. / Juan, E.C.M. / Miyashita, Y. / Sato, Y. / Hoque, M.M. / Suzuki, K. / Yogiashi, M. / Tsunoda, M. / Dock-Bregeon, A.-C. / Moras, D. / Sekiguchi, T. / Takenaka, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Two complementary enzymes for threonylation of tRNA in crenarchaeota: crystal structure of Aeropyrum pernix threonyl-tRNA synthetase lacking a cis-editing domain
著者: Shimizu, S. / Juan, E.C.M. / Sato, Y. / Miyashita, Y. / Hoque, M.M. / Suzuki, K. / Sagara, T. / Tsunoda, M. / Sekiguchi, T. / Dock-Bregeon, A.-C. / Moras, D. / Takenaka, A.
履歴
登録2009年6月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年11月20日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable threonyl-tRNA synthetase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0144
ポリマ－53,7571
非ポリマー2583
水4,846269
1
A: Probable threonyl-tRNA synthetase 1
ヘテロ分子

A: Probable threonyl-tRNA synthetase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,0298
ポリマ－107,5132
非ポリマー5156
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area8700 Å2
ΔGint-171 kcal/mol
Surface area34170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.000, 103.700, 112.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-614-

HOH

21A-701-

HOH

31A-702-

HOH

41A-735-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Probable threonyl-tRNA synthetase 1 / Threonine--tRNA ligase 1 / ThrRS 1


分子量: 53756.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aeropyrum pernix (古細菌) / 株: Aeropyrum pernix K1 / 遺伝子: APE0809.1 / プラスミド: pE11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q9YDW0, threonine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.75
詳細: 1.5M ammonium sulfate in 0.1M HEPES (pH7.5) buffer, pH 7.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1.00, 0.97898, 0.97966
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月19日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.978981
30.979661
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 17033 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 46.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 0.268 / Mean I/σ(I) obs: 14.2 / Num. unique all: 1665 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 6.749 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.081 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 859 5.1 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.17 16983 100 %-
all-16983 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3710 0 11 269 3990
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0223800
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9561.975125
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg14.6225464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.67222.626179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.16115665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3451535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2556
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022881
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.21648
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.22584
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2050.2243
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0390.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2420.281
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1660.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3151.52371
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.90923715
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.44231604
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3414.51410
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 72 -
Rwork0.15 1183 -
all-1255 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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