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- PDB-3a2e: Crystal structure of ginkbilobin-2, the novel antifungal protein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a2e
タイトルCrystal structure of ginkbilobin-2, the novel antifungal protein from Ginkgo biloba seeds
要素Ginkbilobin-2
キーワードPLANT PROTEIN / DOMAIN 26 UNKNOWN FUNCTION (DUF26) / C-X8-C-X2-C MOTIF / ANTIFUNGAL PROTEIN / EMBRYO-ABUNDANT PROTEIN (EAP)
機能・相同性
機能・相同性情報


induction of programmed cell death / plasmodesma / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / D-mannose binding / defense response to fungus / actin binding / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Gnk2 domain, C-X8-C-X2-C motif / Killer Toxin P4; Chain A / Gnk2-homologous domain / Gnk2-homologous domain superfamily / Salt stress response/antifungal / Gnk2-homologous domain profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Antifungal protein ginkbilobin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Ginkgo biloba (イチョウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Miyakawa, T. / Miyazono, K. / Sawano, Y. / Hatano, K. / Tanokura, M.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of ginkbilobin-2 with homology to the extracellular domain of plant cysteine-rich receptor-like kinases
著者: Miyakawa, T. / Miyazono, K. / Sawano, Y. / Hatano, K. / Tanokura, M.
履歴
登録2009年5月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2009年6月2日ID: 2E79
改定 1.02009年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ginkbilobin-2
B: Ginkbilobin-2
C: Ginkbilobin-2
D: Ginkbilobin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6844
ポリマ－46,6844
非ポリマー00
水8,683482
1
A: Ginkbilobin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6711
ポリマ－11,6711
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ginkbilobin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6711
ポリマ－11,6711
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Ginkbilobin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6711
ポリマ－11,6711
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Ginkbilobin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6711
ポリマ－11,6711
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.169, 143.169, 143.169
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-267-

HOH

21A-388-

HOH

31D-376-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Ginkbilobin-2


分子量: 11671.059 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ginkgo biloba (イチョウ) / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A4ZDL6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
15.23832976.519234
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法, シッティングドロップ法6.621% polyacrylic acid 5100, 100 mM MES, 20 mM MgCl2, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
2932蒸気拡散法, シッティングドロップ法6.61.6 M ammonium sulfate, 12% dioxane, 100 mM MES, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1771
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A11
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A20.97909, 0.97934, 0.96411
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2006年10月28日
ADSC QUANTUM 2102CCD2006年12月1日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.979091
30.979341
40.964111
Reflection twinOperator: l,-k,h / Fraction: 0.485
反射解像度: 2.38→50 Å / Num. obs: 39529 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 15.2 % / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 61.2 / Num. measured all: 602150
反射 シェル解像度: 2.38→2.47 Å / 冗長度: 14.5 % / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / Rsym value: 0.375

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.38→43.17 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.98 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.09 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1981 5.02 %RANDOM
Rwork0.207 37489 --
obs0.208 39470 99.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 87.147 Å2 / ksol: 0.346 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 70.92 Å2 / Biso mean: 34.8 Å2 / Biso min: 25.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→43.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3260 0 0 482 3742
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063320
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0014468
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071496
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004600
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.981184
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 98 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.378-2.4190.273950.26118231918
2.419-2.4630.283770.24918831960
2.463-2.5110.283850.23718711956
2.511-2.5620.282830.23918931976
2.562-2.6180.273820.22318541936
2.618-2.6780.25880.22218671955
2.678-2.7450.2321070.22618601967
2.745-2.820.2281030.22418501953
2.82-2.9030.205930.21218701963
2.903-2.9960.255990.20218631962
2.996-3.1030.2081000.20718751975
3.103-3.2270.2221200.19618371957
3.227-3.3740.197980.19518751973
3.374-3.5520.2161360.18918401976
3.552-3.7750.1921150.18118561971
3.775-4.0660.179980.17518831981
4.066-4.4750.223940.17418971991
4.475-5.1210.246900.18618981988
5.121-6.4490.231080.22719142022
6.449-43.1740.3181100.26419802090

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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