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- PDB-3a25: Crystal structure of P. horikoshii TYW2 in complex with AdoMet -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a25
タイトルCrystal structure of P. horikoshii TYW2 in complex with AdoMet
要素Uncharacterized protein PH0793
キーワードTRANSFERASE / Wybutosine modification
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNAPhe (4-demethylwyosine37-C7) aminocarboxypropyltransferase / tRNA 4-demethylwyosine alpha-amino-alpha-carboxypropyltransferase activity / tRNA methyltransferase activity / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / tRNA modification / tRNA methylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
tRNA(Phe) (4-demethylwyosine(37)-C(7)) aminocarboxypropyltransferase / Met-10+ protein-like domains / SAM-dependent methyltransferase TRM5/TYW2-type domain profile. / SAM-dependent methyltransferase TRM5/TYW2-type / TRM5/TYW2 methyltransferase domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich ...tRNA(Phe) (4-demethylwyosine(37)-C(7)) aminocarboxypropyltransferase / Met-10+ protein-like domains / SAM-dependent methyltransferase TRM5/TYW2-type domain profile. / SAM-dependent methyltransferase TRM5/TYW2-type / TRM5/TYW2 methyltransferase domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / tRNA(Phe) (4-demethylwyosine(37)-C(7)) aminocarboxypropyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Umitsu, M. / Nishimasu, H. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structural basis of AdoMet-dependent aminocarboxypropyl transfer reaction catalyzed by tRNA-wybutosine synthesizing enzyme, TYW2
著者: Umitsu, M. / Nishimasu, H. / Noma, A. / Suzuki, T. / Ishitani, R. / Nureki, O.
履歴
登録2009年4月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein PH0793
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1642
ポリマ－34,7661
非ポリマー3981
水2,648147
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.603, 131.603, 99.358
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-305-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein PH0793 / TYW2


分子量: 34765.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 遺伝子: PH0793 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O58523
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M MES, 14% PEG10000, pH6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 26936

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FRN

2frn
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.3→45.541 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 2.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 1346 5 %
Rwork0.2047 --
obs0.2065 26935 94.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / Bsol: 73.523 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.6453 Å20 Å20 Å2
2---5.6453 Å2-0 Å2
3---11.2906 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.541 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2163 0 27 147 2337
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092241
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3623031
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.043860
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.103340
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005378
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2989-2.3810.38871140.34022072X-RAY DIFFRACTION77
2.381-2.47640.3571350.31532363X-RAY DIFFRACTION87
2.4764-2.58910.35871360.29532540X-RAY DIFFRACTION92
2.5891-2.72550.2981220.25812567X-RAY DIFFRACTION95
2.7255-2.89630.26571350.23742617X-RAY DIFFRACTION96
2.8963-3.11980.30731240.23192666X-RAY DIFFRACTION98
3.1198-3.43370.25841430.21572712X-RAY DIFFRACTION100
3.4337-3.93030.22341530.18912698X-RAY DIFFRACTION100
3.9303-4.95090.17831390.1572710X-RAY DIFFRACTION100
4.9509-45.54960.21091450.1812644X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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