PDB-3a17: Crystal Structure of Aldoxime Dehydratase (OxdRE) in Complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3a17

タイトル

Crystal Structure of Aldoxime Dehydratase (OxdRE) in Complex with Butyraldoxime (Co-crystal)

要素

Aldoxime dehydratase

キーワード

LYASE / beta barrel / heme protein

機能・相同性

aliphatic aldoxime dehydratase / Haem-containing dehydratase / Haem-containing dehydratase / lyase activity / metal ion binding / (1Z)-butanal oxime / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Aliphatic aldoxime dehydratase

機能・相同性情報

生物種

Rhodococcus erythropolis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Sawai, H. / Sugimoto, H. / Kato, Y. / Asano, Y. / Shiro, Y. / Aono, S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: X-ray crystal structure of michaelis complex of aldoxime dehydratase
著者: Sawai, H. / Sugimoto, H. / Kato, Y. / Asano, Y. / Shiro, Y. / Aono, S.

履歴

登録	2009年3月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3a17.cif.gz	572.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3a17.ent.gz	472.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3a17.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/3a17 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/3a17	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3a15SC 3a16C 3a18C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3a16-2 3a18-1 6eow-1 3a15-2 3u8z-2 3a16-1 6n0y-3 3ela-d 1dbt-d 2qcj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aldoxime dehydratase

B: Aldoxime dehydratase

C: Aldoxime dehydratase

D: Aldoxime dehydratase

E: Aldoxime dehydratase

F: Aldoxime dehydratase

G: Aldoxime dehydratase

H: Aldoxime dehydratase

ヘテロ分子

342 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Aldoxime dehydratase

B: Aldoxime dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Aldoxime dehydratase

D: Aldoxime dehydratase

ヘテロ分子

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3

E: Aldoxime dehydratase

F: Aldoxime dehydratase

ヘテロ分子

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4

G: Aldoxime dehydratase

H: Aldoxime dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	80.052, 103.931, 114.189
Angle α, β, γ (deg.)	76.500, 89.460, 87.550
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ILE	ILE	GLY	GLY	2	A	A	5 - 340	25 - 360
2	1	1	ILE	ILE	GLY	GLY	2	C	C	5 - 340	25 - 360
3	1	1	ILE	ILE	GLY	GLY	2	E	E	5 - 340	25 - 360
4	1	1	ILE	ILE	GLY	GLY	2	G	G	5 - 340	25 - 360
1	2	1	HEM	HEM	BXO	BXO	1	A	I - J	354 - 355
2	2	1	HEM	HEM	BXO	BXO	1	C	M - N	354 - 355
3	2	1	HEM	HEM	BXO	BXO	1	E	Q - R	354 - 355
4	2	1	HEM	HEM	BXO	BXO	1	G	U - V	354 - 355
1	1	2	ILE	ILE	GLY	GLY	2	B	B	5 - 340	25 - 360
2	1	2	ILE	ILE	GLY	GLY	2	D	D	5 - 340	25 - 360
3	1	2	ILE	ILE	GLY	GLY	2	F	F	5 - 340	25 - 360
4	1	2	ILE	ILE	GLY	GLY	2	H	H	5 - 340	25 - 360
1	2	2	HEM	HEM	BXO	BXO	1	B	K - L	354 - 355
2	2	2	HEM	HEM	BXO	BXO	1	D	O - P	354 - 355
3	2	2	HEM	HEM	BXO	BXO	1	F	S - T	354 - 355
4	2	2	HEM	HEM	BXO	BXO	1	H	W - X	354 - 355
1	1	3	ILE	ILE	GLY	GLY	2	C	C	5 - 340	25 - 360
2	1	3	ILE	ILE	GLY	GLY	2	A	A	5 - 340	25 - 360
3	1	3	ILE	ILE	GLY	GLY	2	E	E	5 - 340	25 - 360
4	1	3	ILE	ILE	GLY	GLY	2	G	G	5 - 340	25 - 360
1	2	3	HEM	HEM	BXO	BXO	1	C	M - N	354 - 355
2	2	3	HEM	HEM	BXO	BXO	1	A	I - J	354 - 355
3	2	3	HEM	HEM	BXO	BXO	1	E	Q - R	354 - 355
4	2	3	HEM	HEM	BXO	BXO	1	G	U - V	354 - 355
1	1	4	ILE	ILE	GLY	GLY	2	D	D	5 - 340	25 - 360
2	1	4	ILE	ILE	GLY	GLY	2	B	B	5 - 340	25 - 360
3	1	4	ILE	ILE	GLY	GLY	2	F	F	5 - 340	25 - 360
4	1	4	ILE	ILE	GLY	GLY	2	H	H	5 - 340	25 - 360
1	2	4	HEM	HEM	BXO	BXO	1	D	O - P	354 - 355
2	2	4	HEM	HEM	BXO	BXO	1	B	K - L	354 - 355
3	2	4	HEM	HEM	BXO	BXO	1	F	S - T	354 - 355
4	2	4	HEM	HEM	BXO	BXO	1	H	W - X	354 - 355
1	1	5	ILE	ILE	GLY	GLY	2	E	E	5 - 340	25 - 360
2	1	5	ILE	ILE	GLY	GLY	2	A	A	5 - 340	25 - 360
3	1	5	ILE	ILE	GLY	GLY	2	C	C	5 - 340	25 - 360
4	1	5	ILE	ILE	GLY	GLY	2	G	G	5 - 340	25 - 360
1	2	5	HEM	HEM	BXO	BXO	1	E	Q - R	354 - 355
2	2	5	HEM	HEM	BXO	BXO	1	A	I - J	354 - 355
3	2	5	HEM	HEM	BXO	BXO	1	C	M - N	354 - 355
4	2	5	HEM	HEM	BXO	BXO	1	G	U - V	354 - 355
1	1	6	ILE	ILE	GLY	GLY	2	F	F	5 - 340	25 - 360
2	1	6	ILE	ILE	GLY	GLY	2	B	B	5 - 340	25 - 360
3	1	6	ILE	ILE	GLY	GLY	2	D	D	5 - 340	25 - 360
4	1	6	ILE	ILE	GLY	GLY	2	H	H	5 - 340	25 - 360
1	2	6	HEM	HEM	BXO	BXO	1	F	S - T	354 - 355
2	2	6	HEM	HEM	BXO	BXO	1	B	K - L	354 - 355
3	2	6	HEM	HEM	BXO	BXO	1	D	O - P	354 - 355
4	2	6	HEM	HEM	BXO	BXO	1	H	W - X	354 - 355
1	1	7	ILE	ILE	GLY	GLY	2	G	G	5 - 340	25 - 360
2	1	7	ILE	ILE	GLY	GLY	2	A	A	5 - 340	25 - 360
3	1	7	ILE	ILE	GLY	GLY	2	C	C	5 - 340	25 - 360
4	1	7	ILE	ILE	GLY	GLY	2	E	E	5 - 340	25 - 360
1	2	7	HEM	HEM	BXO	BXO	1	G	U - V	354 - 355
2	2	7	HEM	HEM	BXO	BXO	1	A	I - J	354 - 355
3	2	7	HEM	HEM	BXO	BXO	1	C	M - N	354 - 355
4	2	7	HEM	HEM	BXO	BXO	1	E	Q - R	354 - 355
1	1	8	ILE	ILE	GLY	GLY	2	H	H	5 - 340	25 - 360
2	1	8	ILE	ILE	GLY	GLY	2	B	B	5 - 340	25 - 360
3	1	8	ILE	ILE	GLY	GLY	2	D	D	5 - 340	25 - 360
4	1	8	ILE	ILE	GLY	GLY	2	F	F	5 - 340	25 - 360
1	2	8	HEM	HEM	BXO	BXO	1	H	W - X	354 - 355
2	2	8	HEM	HEM	BXO	BXO	1	B	K - L	354 - 355
3	2	8	HEM	HEM	BXO	BXO	1	D	O - P	354 - 355
4	2	8	HEM	HEM	BXO	BXO	1	F	S - T	354 - 355

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8

#1: タンパク質	Aldoxime dehydratase / OxdRE 分子量: 42082.625 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodococcus erythropolis (バクテリア) 遺伝子: oxd / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q76K71, EC: 4.99.1.5
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-BXO / (1Z)-butanal oxime / n-Butyraldoxime / (Z)-ブタナ-ルオキシム分子量: 87.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₉NO
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 619 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.13 % / Mosaicity: 1.427 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 17% (W/V) PEG 2000MME, 0.1M Trizma/HCl, 0.2M calcium acetate, 2%(V/V) butyraldoxime, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月30日
放射	モノクロメーター: Si 111 DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 114706 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Χ²: 0.912 / Net I/σ(I): 8.839
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.293 / Mean I/σ(I) obs: 2.046 / Num. unique all: 10470 / Χ²: 0.563 / % possible all: 83.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
SPACE		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3A15

3a15

解像度: 2.5→19.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / WR_factor R_free: 0.243 / WR_factor R_work: 0.213 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 18.664 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.769 / ESU R Free: 0.299 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.243	5656	5 %	RANDOM
R_work	0.211	-	-	-
obs	0.213	112560	91.17 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 68.5 Å² / B_iso mean: 29.332 Å² / B_iso min: 5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.31 Å²	0.16 Å²	1.58 Å²
2-	-	3.9 Å²	-0.09 Å²
3-	-	-	-0.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22645	0	392	619	23656

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	23719
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.139	1.975	32348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.79	5	2841
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.709	23.299	1246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.418	15	3546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.065	15	215
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	3294
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	19021
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	10991
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.296	0.2	16064
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	1333
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.188	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.153	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.457	1.5	14519
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.796	2	22656
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.855	3	10702
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.354	4.5	9673

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1391	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
1	2	C	1391	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
1	3	E	1391	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
1	4	G	1391	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
1	1	A	1331	MEDIUM POSITIONAL	0.21	0.5
1	2	C	1331	MEDIUM POSITIONAL	0.21	0.5
1	3	E	1331	MEDIUM POSITIONAL	0.28	0.5
1	4	G	1331	MEDIUM POSITIONAL	0.21	0.5
1	1	A	1391	TIGHT THERMAL	0.01	0.5
1	2	C	1391	TIGHT THERMAL	0.01	0.5
1	3	E	1391	TIGHT THERMAL	0.01	0.5
1	4	G	1391	TIGHT THERMAL	0.01	0.5
1	1	A	1331	MEDIUM THERMAL	0.13	2
1	2	C	1331	MEDIUM THERMAL	0.13	2
1	3	E	1331	MEDIUM THERMAL	0.12	2
1	4	G	1331	MEDIUM THERMAL	0.13	2
2	1	B	1393	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
2	2	D	1393	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
2	3	F	1393	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
2	4	H	1393	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
2	1	B	1345	MEDIUM POSITIONAL	0.24	0.5
2	2	D	1345	MEDIUM POSITIONAL	0.2	0.5
2	3	F	1345	MEDIUM POSITIONAL	0.2	0.5
2	4	H	1345	MEDIUM POSITIONAL	0.18	0.5
2	1	B	1393	TIGHT THERMAL	0.01	0.5
2	2	D	1393	TIGHT THERMAL	0.01	0.5
2	3	F	1393	TIGHT THERMAL	0.01	0.5
2	4	H	1393	TIGHT THERMAL	0.01	0.5
2	1	B	1345	MEDIUM THERMAL	0.12	2
2	2	D	1345	MEDIUM THERMAL	0.12	2
2	3	F	1345	MEDIUM THERMAL	0.12	2
2	4	H	1345	MEDIUM THERMAL	0.12	2
3	1	C	1391	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
3	2	A	1391	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
3	3	E	1391	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
3	4	G	1391	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
3	1	C	1331	MEDIUM POSITIONAL	0.21	0.5
3	2	A	1331	MEDIUM POSITIONAL	0.21	0.5
3	3	E	1331	MEDIUM POSITIONAL	0.28	0.5
3	4	G	1331	MEDIUM POSITIONAL	0.21	0.5
3	1	C	1391	TIGHT THERMAL	0.01	0.5
3	2	A	1391	TIGHT THERMAL	0.01	0.5
3	3	E	1391	TIGHT THERMAL	0.01	0.5
3	4	G	1391	TIGHT THERMAL	0.01	0.5
3	1	C	1331	MEDIUM THERMAL	0.13	2
3	2	A	1331	MEDIUM THERMAL	0.13	2
3	3	E	1331	MEDIUM THERMAL	0.12	2
3	4	G	1331	MEDIUM THERMAL	0.13	2
4	1	D	1393	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
4	2	B	1393	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
4	3	F	1393	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
4	4	H	1393	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
4	1	D	1345	MEDIUM POSITIONAL	0.2	0.5
4	2	B	1345	MEDIUM POSITIONAL	0.24	0.5
4	3	F	1345	MEDIUM POSITIONAL	0.2	0.5
4	4	H	1345	MEDIUM POSITIONAL	0.18	0.5
4	1	D	1393	TIGHT THERMAL	0.01	0.5
4	2	B	1393	TIGHT THERMAL	0.01	0.5
4	3	F	1393	TIGHT THERMAL	0.01	0.5
4	4	H	1393	TIGHT THERMAL	0.01	0.5
4	1	D	1345	MEDIUM THERMAL	0.12	2
4	2	B	1345	MEDIUM THERMAL	0.12	2
4	3	F	1345	MEDIUM THERMAL	0.12	2
4	4	H	1345	MEDIUM THERMAL	0.12	2
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5	3	C	1391	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
5	4	G	1391	TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
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5	3	C	1331	MEDIUM POSITIONAL	0.21	0.5
5	4	G	1331	MEDIUM POSITIONAL	0.21	0.5
5	1	E	1391	TIGHT THERMAL	0.01	0.5
5	2	A	1391	TIGHT THERMAL	0.01	0.5
5	3	C	1391	TIGHT THERMAL	0.01	0.5
5	4	G	1391	TIGHT THERMAL	0.01	0.5
5	1	E	1331	MEDIUM THERMAL	0.12	2
5	2	A	1331	MEDIUM THERMAL	0.13	2
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5	4	G	1331	MEDIUM THERMAL	0.13	2
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7	3	C	1391	TIGHT THERMAL	0.01	0.5
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LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5-2.564	0.353	387	0.289	7145	9031	83.402
2.564-2.633	0.292	376	0.27	6881	8726	83.165
2.633-2.708	0.329	333	0.259	6790	8560	83.213
2.708-2.79	0.276	384	0.246	6600	8365	83.491
2.79-2.879	0.288	340	0.24	6431	8037	84.248
2.879-2.978	0.278	343	0.235	6381	7805	86.15
2.978-3.088	0.302	326	0.249	6366	7545	88.694
3.088-3.211	0.278	312	0.236	6356	7232	92.201
3.211-3.35	0.24	355	0.216	6355	6988	96.022
3.35-3.508	0.226	334	0.208	6119	6639	97.198
3.508-3.692	0.228	293	0.195	5932	6354	97.97
3.692-3.907	0.199	327	0.189	5565	6013	97.988
3.907-4.166	0.236	266	0.192	5302	5668	98.236
4.166-4.483	0.202	240	0.175	4940	5293	97.865
4.483-4.887	0.194	237	0.164	4526	4857	98.065
4.887-5.423	0.211	214	0.179	4178	4464	98.387
5.423-6.187	0.232	203	0.204	3689	3963	98.208
6.187-7.402	0.233	171	0.217	3167	3398	98.234
7.402-9.818	0.215	125	0.205	2522	2717	97.424
9.818-20	0.263	90	0.25	1659	1811	96.576

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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