PDB-3a15: Crystal Structure of Substrate-Free Form of Aldoxime Dehydratase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3a15

タイトル

Crystal Structure of Substrate-Free Form of Aldoxime Dehydratase (OxdRE)

要素

Aldoxime dehydratase

キーワード

LYASE / beta barrel / heme protein

機能・相同性

aliphatic aldoxime dehydratase / Haem-containing dehydratase / Haem-containing dehydratase / lyase activity / metal ion binding / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Aliphatic aldoxime dehydratase

機能・相同性情報

生物種

Rhodococcus erythropolis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Sawai, H. / Sugimoto, H. / Kato, Y. / Asano, Y. / Shiro, Y. / Aono, S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: X-ray crystal structure of michaelis complex of aldoxime dehydratase
著者: Sawai, H. / Sugimoto, H. / Kato, Y. / Asano, Y. / Shiro, Y. / Aono, S.

履歴

登録	2009年3月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3a15.cif.gz	325.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3a15.ent.gz	261.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3a15.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3a15_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3a15_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	3a15_validation.xml.gz	65.6 KB	表示
CIF形式データ	3a15_validation.cif.gz	96.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/3a15 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/3a15	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3a16C 3a17C 3a18C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3a16-1 4phl-d 6v8q-2 3a18-1 2qyk-d 4afq-d 3a16-2 2yrf-d 6eow-1 4gkr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aldoxime dehydratase

B: Aldoxime dehydratase

C: Aldoxime dehydratase

D: Aldoxime dehydratase

ヘテロ分子

171 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aldoxime dehydratase

B: Aldoxime dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Aldoxime dehydratase

D: Aldoxime dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.904, 77.066, 104.831
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.060, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Aldoxime dehydratase / OxdRE 分子量: 42082.625 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodococcus erythropolis (バクテリア) 遺伝子: oxd / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q76K71, EC: 4.99.1.5
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.66 % / Mosaicity: 0.869 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 18% (W/V) PEG 4000, 0.075M sodium cacodylate, 0.1M magnesium acetate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SPring-8	BL41XU	1	1
シンクロトロン	SPring-8	BL41XU	2	1.7379, 1.7404, 1.7200

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2008年2月6日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2008年2月6日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	1.7379	1
3	1.7404	1
4	1.72	1

Reflection

冗長度: 5 % / Av σ(I) over netI: 22.83 / 数: 385356 / R_merge(I) obs: 0.083 / Χ²: 0.95 / D res high: 2.2 Å / D res low: 20 Å / Num. obs: 77303 / % possible obs: 99.6

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.72	20	99.9	1	0.063	1.067	5.3
3.76	4.72	99.4	1	0.067	0.995	4.9
3.28	3.76	99.4	1	0.078	0.973	5.1
2.98	3.28	99.5	1	0.084	1.071	5.1
2.77	2.98	99.5	1	0.093	0.908	5.1
2.61	2.77	99.8	1	0.108	0.848	5.1
2.48	2.61	99.5	1	0.139	0.991	5.1
2.37	2.48	99.9	1	0.162	0.979	4.9
2.28	2.37	99.6	1	0.193	0.88	4.7
2.2	2.28	99.1	1	0.21	0.8	4.4

反射

解像度: 1.79→20 Å / Num. obs: 141582 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.057 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I): 22.83

反射シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.79-1.86	2.8	0.325	2.6	13938	0.612	98.7
1.86-1.94	2.8	0.231		14000	0.629	99.1
1.94-2.03	4.2	0.22		14126	0.678	99.7
2.03-2.13	4.6	0.183		14136	0.966	99.9
2.13-2.27	4.7	0.13		14169	0.851	99.9
2.27-2.44	4.8	0.107		14150	0.953	99.9
2.44-2.69	4.9	0.088		14167	1.243	99.9
2.69-3.07	5	0.075		14210	1.256	99.8
3.07-3.87	4.9	0.048		14238	1.067	99.7
3.87-20	5.4	0.036		14448	0.986	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.79→19.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / WR_factor R_free: 0.193 / WR_factor R_work: 0.163 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 4.017 / SU ML: 0.07 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.193	7085	5 %	RANDOM
R_work	0.161	-	-	-
obs	0.163	141557	98.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 72.21 Å² / B_iso mean: 29.25 Å² / B_iso min: 13.62 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.09 Å²	0 Å²	-0.37 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→19.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11376	0	172	1299	12847

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	11999
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.229	1.973	16393
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.006	5	1454
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.814	23.281	637
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.55	15	1809
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.255	15	111
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	9651
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	5581
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	8215
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.112	0.2	1167
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.174	0.2	103
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.179	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.649	1.5	7369
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.033	2	11475
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.6	3	5403
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.487	4.5	4896

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.794-1.84	0.245	468	0.203	8835	10489	88.693
1.84-1.89	0.235	495	0.185	9593	10193	98.97
1.89-1.945	0.226	488	0.176	9351	9940	98.984
1.945-2.004	0.198	497	0.167	9100	9618	99.782
2.004-2.069	0.193	461	0.165	8891	9359	99.925
2.069-2.141	0.209	454	0.166	8605	9066	99.923
2.141-2.22	0.215	412	0.163	8312	8731	99.92
2.22-2.31	0.195	414	0.161	8006	8427	99.917
2.31-2.411	0.206	402	0.17	7672	8083	99.889
2.411-2.527	0.198	397	0.172	7316	7721	99.896
2.527-2.661	0.207	386	0.172	6992	7393	99.797
2.661-2.82	0.212	355	0.171	6615	6981	99.842
2.82-3.01	0.182	315	0.172	6248	6579	99.757
3.01-3.245	0.189	329	0.165	5806	6143	99.87
3.245-3.546	0.173	273	0.15	5373	5654	99.859
3.546-3.949	0.168	279	0.139	4854	5180	99.093
3.949-4.53	0.155	236	0.135	4329	4570	99.891
4.53-5.478	0.197	201	0.144	3729	3931	99.975
5.478-7.472	0.218	142	0.181	2971	3114	99.968
7.472-20	0.171	81	0.173	1874	1968	99.339

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6703	-0.0704	-0.0093	0.1655	0.1126	0.3672	-0.0099	-0.0565	0.0172	0.0145	0.0299	-0.0097	0.0051	0.0346	-0.0201	-0.0251	0.0025	0.0062	-0.0496	0.002	-0.0135	-3.473	19.353	66.723
2	0.7588	0.1381	0.292	0.4261	0.109	0.3345	-0.0207	0.0036	0.0114	-0.0214	0.0138	0.0384	-0.0078	-0.0053	0.0069	-0.037	0.0002	0.0022	-0.0673	0.0021	0.0006	-43.456	21.374	49.271
3	0.987	-0.0306	-0.396	0.2875	0.0821	1.4027	-0.0356	-0.1011	0.0102	-0.0316	0.0662	-0.0256	0.1437	0.1397	-0.0305	0.0052	0.0348	0.0523	-0.049	0.0251	-0.0808	-8.482	-15.481	91.227
4	1.087	0.0089	0.177	0.8333	-0.0706	1.1512	-0.0209	-0.0633	0.0439	-0.2124	0.0132	0.0964	0.0973	-0.2301	0.0077	-0.0228	-0.0488	-0.0454	0.0426	0.0101	-0.1024	-52.347	-16.644	92.902

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 352
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-9 - 352
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 352
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-9 - 352

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