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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 390d | ||||||||||||||||||
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タイトル | STRUCTURAL VARIABILITY AND NEW INTERMOLECULAR INTERACTIONS OF Z-DNA IN CRYSTALS OF D(PCPGPCPGPCPG) | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(P*キーワード | DNA / Z-DNA / DOUBLE HELIX | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | データ登録者 | Malinina, L. / Tereshko, V. / Ivanova, E. / Subirana, J.A. / Zarytova, V. / Nekrasov, Y. | 引用 | ジャーナル: Biophys.J. / 年: 1998 | タイトル: Structural variability and new intermolecular interactions of Z-DNA in crystals of d(pCpGpCpGpCpG). 著者: Malinina, L. / Tereshko, V. / Ivanova, E. / Subirana, J.A. / Zarytova, V. / Nekrasov, Y. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 390d.cif.gz | 17.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb390d.ent.gz | 11.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 390d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 390d_validation.pdf.gz | 357.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 390d_full_validation.pdf.gz | 357.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 390d_validation.xml.gz | 2.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 390d_validation.cif.gz | 3.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/90/390d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/90/390d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1810.205 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.44 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: pH 6.00 | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: Malinina, L., (1991) J. Crystal Growth, 110, 252. | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 290 K |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SYNTEX P21 / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1988年1月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→34.9 Å / Num. obs: 3248 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 34.9 Å / % possible obs: 93 % / Rmerge(I) obs: 0.026 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→8 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / Num. reflection Rfree: 309 / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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