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- PDB-378d: STRUCTURE OF THE SIDE-BY-SIDE BINDING OF DISTAMYCIN TO DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 378d
タイトルSTRUCTURE OF THE SIDE-BY-SIDE BINDING OF DISTAMYCIN TO DNA
要素DNA (5'-D(*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*C)-3')
キーワードDNA / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / DOUBLE DRUG IN MINOR GROOVE
機能・相同性DISTAMYCIN A / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Mitra, S.N. / Wahl, M.C. / Sundaralingam, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Structure of the side-by-side binding of distamycin to d(GTATATAC)2.
著者: Mitra, S.N. / Wahl, M.C. / Sundaralingam, M.
履歴
登録1998年1月28日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01999年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6529
ポリマ－9,7034
非ポリマー1,9495
水99155
1
A: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8375
ポリマ－4,8512
非ポリマー9863
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8144
ポリマ－4,8512
非ポリマー9632
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)29.550, 42.180, 43.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.56, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*C)-3')


分子量: 2425.629 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
#2: 化合物
ChemComp-DMY / DISTAMYCIN A / DISTAMYCIN / STALLIMYCIN / ジスタマイシンA


分子量: 481.508 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H27N9O4 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.1 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.00
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11 mMDNA1drop
21 mMdistamycin A hydrochloride1drop
320 mMmagnesium chloride1drop
440 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE
検出器タイプ: SIEMENS-NICOLET / 検出器: AREA DETECTOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.23→26.7 Å / Num. obs: 3887 / % possible obs: 73.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 34.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェル解像度: 2.4→2.51 Å / % possible all: 53.7
反射
*PLUS
Num. obs: 3588 / % possible obs: 84.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XENGENデータ収集
2.1データ収集
AMoRE位相決定
X-PLOR精密化
XENGENV. 2.1データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: COORDINATES OF D(CCCCCIIIII) (FROM CRYSTAL STRUCTURE)

解像度: 2.4→8 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 349 10 %X-PLOR
Rwork0.21 ---
obs0.21 3467 84.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 644 141 55 840
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d17.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.51 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.511 23 4.5 %
Rwork0.415 250 -
obs--53.7 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARAM_ND.DNA / Topol file: TOP_NDBX.DNA
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.09
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg17.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.3
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.415

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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