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- PDB-376d: A ZIPPER-LIKE DNA DUPLEX D(GCGAAAGCT) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 376d
タイトルA ZIPPER-LIKE DNA DUPLEX D(GCGAAAGCT)
要素DNA (5'-D(*GP*(CBR)P*GP*AP*AP*AP*GP*CP*T)-3')
キーワードDNA / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / OVERHANGING BASE / MODIFIED / MISMATCHED
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / MAD AT BROMINE EDGE / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Cruse, W.B.T. / Shepard, W. / Prange, T. / delalFortelle, E. / Fourme, R.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: A zipper-like duplex in DNA: the crystal structure of d(GCGAAAGCT) at 2.1 A resolution.
著者: Shepard, W. / Cruse, W.B. / Fourme, R. / de la Fortelle, E. / Prange, T.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1997
タイトル: RNA Tertiary Structure Mediation by Adenosine Platforms
著者: Cate, J.H. / Gooding, A.R. / Podell, E. / Zhou, K. / Golden, B.L. / Szewczak, A.A. / Kundrot, C.E. / Cech, T.R. / Doudna, J.A.
#2: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Solution Structure of a Metal-binding Site in the Major Groove of RNA Complexed with Cobalt(III) Hexammine
著者: Kieft, J.S. / Tinoco Jr., I.
#3: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1989
タイトル: Extraordinary Stable Structure of Short Single-Stranded DNA Fragments Containing a Specific Base Sequence: d(GCGAAAGC)
著者: Hirao, I. / Nichimura, Y. / Naraoka, T. / Watanabe, K. / Arata, Y. / Miura, K.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1985
タイトル: Structural Basis for Stabilisation of Z-DNA by Cobalt Haxaammine and Magnesium Cations
著者: Geissner, R.V. / Quigley, G.J. / Wang, H.J. / van der Marel, A. / van Boom, J.H.
履歴
登録1998年1月22日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01999年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*(CBR)P*GP*AP*AP*AP*GP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,0052
ポリマ－2,8441
非ポリマー1611
水32418
1
A: DNA (5'-D(*GP*(CBR)P*GP*AP*AP*AP*GP*CP*T)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*GP*(CBR)P*GP*AP*AP*AP*GP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0104
ポリマ－5,6872
非ポリマー3222
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)37.560, 37.560, 65.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-10-

NCO

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*(CBR)P*GP*AP*AP*AP*GP*CP*T)-3')


分子量: 2843.733 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
#2: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 36 %
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2CACODYLATE11
3[CO(NH3)6]3+11
4MPD11
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 36 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
20.05 Mlithium cacodylate1drop0.4ml
30.1 M1drop0.003mlNH4OH
410 mMcobalt hexammine chloride1drop0.015ml
550 %MPD1drop0.008ml
625 %MPD1reservoir
1protein1drop1mg

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データ収集

回折平均測定温度: 276 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW21B
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月1日 / 詳細: DOUBLE MONO + MULTILAYER FOCUS
放射モノクロメーター: SI(III) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.1→15 Å / Num. obs: 1832 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 3 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル最高解像度: 2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.148 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 61
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 15 Å / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 11.6 % / Num. measured all: 21345
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 2.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MADLSQ+ CCP4 PACKAGEモデル構築
X-PLOR精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MADLSQ位相決定
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: MAD AT BROMINE EDGE
開始モデル: MANUALLY BUILT IN THE EXPERIMENTAL DENSITY

解像度: 2.1→15 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 183 10 %
Rwork0.189 --
obs0.189 1832 95 %
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.15 Å / Luzzati d res low obs: 15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 184 4 18 206
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 15 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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