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万見
- PDB-353d: CRYSTAL STRUCTURE OF DOMAIN A OF THERMUS FLAVUS 5S RRNA AND THE C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 353d
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF DOMAIN A OF THERMUS FLAVUS 5S RRNA AND THE CONTRIBUTION OF WATER MOLECULES TO ITS STRUCTURE
要素
  • RNA (5'-R(*AP*UP*CP*CP*CP*CP*CP*GP*UP*GP*CP*C)-3')
  • RNA (5'-R(*GP*GP*UP*GP*CP*GP*GP*GP*GP*GP*AP*U)-3')
キーワードRNA / A-RNA / DOUBLE STRAND
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Betzel, C. / Lorenz, S. / Furste, J.P. / Bald, R. / Zhang, M. / Schneider, T.R. / Wilson, K.S. / Erdmann, V.A.
引用
ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1994
タイトル: Crystal structure of domain A of Thermus flavus 5S rRNA and the contribution of water molecules to its structure.
著者: Betzel, C. / Lorenz, S. / Furste, J.P. / Bald, R. / Zhang, M. / Schneider, T.R. / Wilson, K.S. / Erdmann, V.A.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Domain A of Thermus flavus 5S rRNA at 2.3 A Resolution. Comparison of Nearest Neighbor Parameters for Mismatches and the Influence of Solvent
著者: Perbandt, M. / Lorenz, S. / Betzel, C. / Erdmann, V.A.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: Crystallization and Preliminary Diffraction Studies of the Chemically Synthesized Domain A of Thermus flavus 5S rRNA: An Dodecamer Double Helix
著者: Lorenz, S. / Furste, J. / Bald, R. / Zhang, M. / Raderschall, E. / Betzel, C. / Dauter, Z. / Wilson, K.
履歴
登録1997年9月29日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01997年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年2月14日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: diffrn / exptl_crystal_grow
Item: _diffrn.ambient_temp / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年8月2日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*AP*UP*CP*CP*CP*CP*CP*GP*UP*GP*CP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*GP*GP*UP*GP*CP*GP*GP*GP*GP*GP*AP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6872
ポリマ－7,6872
非ポリマー00
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.100, 30.100, 86.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*UP*CP*CP*CP*CP*CP*GP*UP*GP*CP*C)-3')


分子量: 3723.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*UP*GP*CP*GP*GP*GP*GP*GP*AP*U)-3')


分子量: 3963.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.91 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2MPD11
3MGCL211
4NA CACODYLATE11
5WATER12
6MPD12
7MGCL212
8NA CACODYLATE12
結晶化
*PLUS
温度: 45 ℃ / pH: 6.5
詳細: Lorenz, S., (1993) Acta Crystallogr.,Sect.D, 49, 418.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlRNA1drop
25 %1drop
3200 mM1dropMgCl2
420 mMsodium cacodylate1drop
530 %MPD1reservoir
6400 mM1reservoirMgCl2
740 mMsodium cacodylate1reservoir
81

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11531
21531
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長波長 (Å)
SEALED TUBECONVENTIONAL Mo10.71070.7107
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG X1120.920.92
検出器
タイプID検出器
MARRESEARCH1IMAGE PLATE
MARRESEARCH2IMAGE PLATE
放射
IDモノクロメーター単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1GRAPHITEMx-ray1
2Mx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.71071
20.921
反射最高解像度: 2.4 Å / Num. obs: 2477 / % possible obs: 83.5 %
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / % possible obs: 83.5 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
NUCLSQ精密化
XDSデータ削減
DENZOデータ削減
精密化開始モデル: NDB ENTRY ARN035 (PDB ENTRY 1RNA)

1rna


解像度: 2.4→8 Å / σ(F): 0 / 詳細: X-PLOR (BRUNGER) ALSO WAS USED. /
Rfactor反射数
obs0.18 2477
原子変位パラメータBiso mean: 23.9 Å2
Refine Biso
クラスRefine-ID詳細Treatment
ALL ATOMSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
ALL WATERSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 508 0 158 666
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONn_bond_d0.025
X-RAY DIFFRACTIONn_angle_d0.068
X-RAY DIFFRACTIONn_planar_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONn_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONn_sugar_bond_it
X-RAY DIFFRACTIONn_sugar_angle_it
X-RAY DIFFRACTIONn_phos_bond_it
X-RAY DIFFRACTIONn_phos_angle_it
X-RAY DIFFRACTIONn_bond_angle_restr
X-RAY DIFFRACTIONn_dihedral_angle_restr
X-RAY DIFFRACTIONn_impr_tor
X-RAY DIFFRACTIONn_sugar_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONn_sugar_bond_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONn_phos_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONn_phos_bond_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONn_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONn_chiral_restr0.036
X-RAY DIFFRACTIONn_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONn_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONn_xhyhbond_nbd
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / % reflection obs: 50 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: NUCLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rwork: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 23.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONn_bond_d0.025
X-RAY DIFFRACTIONn_angle_d0.068

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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