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万見
- PDB-348d: X-RAY CRYSTAL STRUCTURES OF THE DECAMER DGACCGCGGTC: LOW SALT CON... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 348d
タイトルX-RAY CRYSTAL STRUCTURES OF THE DECAMER DGACCGCGGTC: LOW SALT CONCENTRATION
要素DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*TP*C)-3')
キーワードDNA / A-DNA / DOUBLE HELIX
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Luo, M. / Finley, J.B.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1998
タイトル: X-ray crystal structures of half the human papilloma virus E2 binding site: d(GACCGCGGTC).
著者: Finley, J.B. / Luo, M.
履歴
登録1997年8月29日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01997年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*TP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,0461
ポリマ－3,0461
非ポリマー00
水93752
1
A: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*TP*C)-3')

A: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*TP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0922
ポリマ－6,0922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)38.606, 38.606, 80.573
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*GP*TP*C)-3')


分子量: 3045.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2MGCL211
3SPERMINE11
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mMDNA1drop
2200 mMcacodylate acid1drop
330 %(v/v)MPD1drop
47.8 mM1dropMgCl2
57.8 mMspermine1drop
6200 mMcacodylate acid1reservoir
730 %(v/v)MPD1reservoir

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データ収集

検出器タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年1月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 4447 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 3 / Rmerge(I) obs: 0.052
反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 3

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLOR精密化
XENGENデータ削減
精密化解像度: 1.7→5 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rfree0.21 -
Rwork0.19 -
obs0.19 4447
Refine Biso
クラスRefine-ID詳細Treatment
ALL ATOMSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
ALL WATERSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 227 0 156 383
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.64
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARAM_NDBX_HIGH.DNA / Topol file: TOP_NDBX.DNA
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 5 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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