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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 348d | ||||||||||||||||||
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タイトル | X-RAY CRYSTAL STRUCTURES OF THE DECAMER DGACCGCGGTC: LOW SALT CONCENTRATION | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / A-DNA / DOUBLE HELIX | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 1.7 Å | データ登録者 | Luo, M. / Finley, J.B. | 引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1998 | タイトル: X-ray crystal structures of half the human papilloma virus E2 binding site: d(GACCGCGGTC). 著者: Finley, J.B. / Luo, M. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 348d.cif.gz | 17.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb348d.ent.gz | 11.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 348d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 348d_validation.pdf.gz | 359 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 348d_full_validation.pdf.gz | 358.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 348d_validation.xml.gz | 2.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 348d_validation.cif.gz | 3.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/48/348d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/48/348d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3045.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
検出器 | タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年1月5日 |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 4447 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 3 / Rmerge(I) obs: 0.052 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.7→5 Å / σ(F): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→5 Å
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拘束条件 |
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARAM_NDBX_HIGH.DNA / Topol file: TOP_NDBX.DNA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |