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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 346d | |||||||||||||||||||||
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タイトル | STRUCTURAL PARAMETERS FROM SINGLE-CRYSTAL STRUCTURES FOR ACCURATE MODELS OF A-DNA | |||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / A-DNA / DOUBLE HELIX / MODIFIED | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | データ登録者 | Mooers, B.H.M. / Eichman, B.F. / Ho, P.S. | 引用 | ジャーナル: To be Published | タイトル: Structural Parameters from Single-Crystal Structures for Accurate Models of A-DNA 著者: Mooers, B.H.M. / Eichman, B.F. / Ho, P.S. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 346d.cif.gz | 12.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb346d.ent.gz | 7.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 346d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 346d_validation.pdf.gz | 358.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 346d_full_validation.pdf.gz | 358.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 346d_validation.xml.gz | 2.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 346d_validation.cif.gz | 2.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/46/346d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/46/346d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2470.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.56 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION |
溶液の組成 | 名称: WATER |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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検出器 | タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年6月25日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→12.1 Å / Num. obs: 2153 / % possible obs: 76.97 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.048 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→8 Å / σ(F): 3 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.41 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PAR.DNA / Topol file: TOP.DNA |