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- PDB-334d: DEFINING GC-SPECIFICITY IN THE MINOR GROOVE: SIDE-BY-SIDE BINDING... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 334d
タイトルDEFINING GC-SPECIFICITY IN THE MINOR GROOVE: SIDE-BY-SIDE BINDING OF THE DI-IMIDAZOLE LEXITROPSIN TO C-A-T-G-G-C-C-A-T-G
要素DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*GP*CP*CP*AP*TP*G)-3')
キーワードDNA / B-DNA / DOUBLE HELIX
機能・相同性DIIMIDAZOLE LEXITROPSIN / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kopka, M.L. / Goodsell, D.S. / Dickerson, R.E.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Defining GC-specificity in the minor groove: side-by-side binding of the di-imidazole lexitropsin to C-A-T-G-G-C-C-A-T-G.
著者: Kopka, M.L. / Goodsell, D.S. / Han, G.W. / Chiu, T.K. / Lown, J.W. / Dickerson, R.E.
履歴
登録1997年5月22日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01997年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*GP*CP*CP*AP*TP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*GP*CP*CP*AP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8555
ポリマ－6,0902
非ポリマー7653
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.654, 42.643, 34.684
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*GP*CP*CP*AP*TP*G)-3')


分子量: 3045.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-DIM / DIIMIDAZOLE LEXITROPSIN


分子量: 362.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N9O3
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: pH 7.40, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2MPD11
3CACL211
4SPERMINE_HCL11
5WATER12
6MPD12
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 50 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.45 mMduplex DNA1drop
20.90 mMDIM1drop
312 mM1dropCaCl2
47 mMspermine hydrochloride1drop
515 %(v/v)MPD1drop
645 %1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 278 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年9月15日 / 詳細: MIRROR MSC-YALE
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→8 Å / Num. obs: 4895 / % possible obs: 93 % / Biso Wilson estimate: 21.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0374
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / % possible all: 91.9
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 8 Å / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 1

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
NUCLSQ精密化
MSCデータ削減
MSCデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AN IDEAL HELIX RMS FIT TO BDJ057

解像度: 1.8→8 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.2 --
obs0.2 4895 92 %
Refine Biso
クラスRefine-ID詳細Treatment
ALL ATOMSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
ALL WATERSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 404 57 58 519
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONn_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONn_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONn_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONn_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONn_sugar_bond_it4.0266
X-RAY DIFFRACTIONn_sugar_angle_it4.6646
X-RAY DIFFRACTIONn_phos_bond_it4.8586
X-RAY DIFFRACTIONn_phos_angle_it4.6546
X-RAY DIFFRACTIONn_bond_angle_restr
X-RAY DIFFRACTIONn_dihedral_angle_restr
X-RAY DIFFRACTIONn_impr_tor
X-RAY DIFFRACTIONn_sugar_bond_d0.0260.03
X-RAY DIFFRACTIONn_sugar_bond_angle_d0.0390.027
X-RAY DIFFRACTIONn_phos_bond_d0.050.04
X-RAY DIFFRACTIONn_phos_bond_angle_d0.0690.05
X-RAY DIFFRACTIONn_plane_restr0.0160.02
X-RAY DIFFRACTIONn_chiral_restr0.1460.15
X-RAY DIFFRACTIONn_singtor_nbd0.0850.1
X-RAY DIFFRACTIONn_multtor_nbd0.1040.1
X-RAY DIFFRACTIONn_xhyhbond_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: NUCLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 1 / Rfactor obs: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONn_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONn_angle_d

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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