PDB-331d: CRYSTAL STRUCTURE OF D(GCGCGCG) WITH 5'-OVERHANG G'S

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 331d

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF D(GCGCGCG) WITH 5'-OVERHANG G'S

要素

DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')

キーワード

DNA / Z-DNA / DOUBLE HELIX / OVERHANGING BASE / FLIPPED-OUT BASE

機能・相同性

COBALT HEXAMMINE(III) / DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Pan, B. / Ban, C. / Wahl, M. / Sundaralingam, M.

引用

ジャーナル: Biophys.J. / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of d(GCGCGCG) with 5'-overhang G residues.
著者: Pan, B. / Ban, C. / Wahl, M.C. / Sundaralingam, M.

履歴

登録	1997年5月13日	登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1997年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	331d.cif.gz	17.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb331d.ent.gz	11.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	331d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	331d_validation.pdf.gz	336.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	331d_full_validation.pdf.gz	339.5 KB	表示
XML形式データ	331d_validation.xml.gz	1.7 KB	表示
CIF形式データ	331d_validation.cif.gz	2.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/31/331d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/31/331d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	314d-d 313d-d 2oei-d 2lb0-d 2lb2-d 1d59-1 1cx3-d 2wrw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')

B: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

4.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	20.410, 29.650, 51.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(GPCPGPCPGPCPG)-3') 分子量: 2139.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成
#2: 化合物	ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III) 分子量: 161.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH₁₈N₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 1.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.92 %

結晶化

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	NA CACODYLATE	1	1
3	SPERMINE_HCL	1	1
4	[CO(NH3)6]3+	1	1
5	WATER	1	2
6	ISOPROPANOL	1	2

結晶化

*PLUS

pH: 7

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	1 mM	DNA	1	drop	single strand concentration
2	20 mM	sodium cacodylate	1	drop
3	0.5 mM	spermine tetrachloride	1	drop
4	10 %	2-propanol	1	reservoir
5			1
6			1

-
データ収集

回折	Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE
放射光源	由来: 回転陽極
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年2月11日
放射	単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 1.65→10 Å / Num. obs: 3813 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 5
反射シェル	解像度: 1.65→1.8 Å / R_merge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 86.5
反射	PLUS 最高解像度: 1.65 Å / % possible obs: 92.3 % / Num. measured all*: 9304

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
X-PLOR	精密化
RIGAKU	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Z-DNA HEXAMER D(CGCGCG)

解像度: 1.65→8 Å / σ(F): 2 /

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.184	-	-
obs	0.184	3598	87.1 %

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.2 Å²

Refine B_iso

クラス	Refine-ID	詳細	Treatment
ALL ATOMS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic
ALL WATERS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	284	14	57	355

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.02
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	3.2
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d	31.8
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d	1.6
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scangle_it

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.8 Å / Total num. of bins used: 8

Xplor file

Serial no: 1 / Param file: PARAM_ND.DNA / Topol file: TOPPAR_ND.DNA

ソフトウェア

*PLUS

名称:

X-PLOR / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.65 Å / 最低解像度: 8 Å

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

B_iso mean: 22.2 Å²

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	3.2
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_deg	31.8
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_deg	1.6

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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