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- PDB-2zzl: Structure of bacteriorhodopsin's M intermediate at pH 7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zzl
タイトルStructure of bacteriorhodopsin's M intermediate at pH 7
要素Bacteriorhodopsin
キーワードPROTON TRANSPORT / retinal / protein-lipid complex / reaction intermediate / Cell membrane / Chromophore / Hydrogen ion transport / Ion transport / Membrane / Photoreceptor protein / Pyrrolidone carboxylic acid / Receptor / Retinal protein / Sensory transduction / Transmembrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


light-driven active monoatomic ion transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3-PHOSPHORYL-[1,2-DI-PHYTANYL]GLYCEROL / 2,3-DI-PHYTANYL-GLYCEROL / Chem-L3P / RETINAL / Bacteriorhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Halobacterium salinarum (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Yamamoto, M. / Kouyama, T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal Structures of Different Substates of Bacteriorhodopsin's M Intermediate at Various pH Levels.
著者: Yamamoto, M. / Hayakawa, N. / Murakami, M. / Kouyama, T.
履歴
登録2009年2月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1859
ポリマ－28,2701
非ポリマー4,9158
水72140
1
A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子

A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子

A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,55627
ポリマ－84,8103
非ポリマー14,74524
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area3890 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area26970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.21, 102.21, 112.48
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number177
Space group name H-MP622

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Bacteriorhodopsin / BR


分子量: 28270.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Halobacterium salinarum (好塩性) / 株: JW3 / 参照: UniProt: P02945

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糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 3-O-sulfo-beta-D-galactopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 584.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalp[3S]b1-6DManpa1-2DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1a_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5_3*OSO/3=O/3=O]/1-2-3/a2-b1_b6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][b-D-Galp3SO3]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-SOG / octyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside / 2-HYDROXYMETHYL-6-OCTYLSULFANYL-TETRAHYDRO-PYRAN-3,4,5-TRIOL / 1-S-OCTYL-BETA-D-THIOGLUCOSIDE / octyl 1-thio-beta-D-glucoside / octyl 1-thio-D-glucoside / octyl 1-thio-glucoside / オクチル1-チオ-β-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 308.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O5S / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 5種, 46分子

#3: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#4: 化合物 ChemComp-L3P / 2,3-DI-O-PHYTANLY-3-SN-GLYCERO-1-PHOSPHORYL-3'-SN-GLYCEROL-1'-PHOSPHATE


分子量: 885.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H94O11P2
#5: 化合物 ChemComp-L2P / 2,3-DI-PHYTANYL-GLYCEROL / 1,2-DI-1-(3,7,11,15-TETRAMETHYL-HEXADECANE)-SN-GLYCEROL / 1-O,2-O-ビス[(3R,7R,11R)-3,7,11,15-テトラメチルヘキサデシル]-D-グリセロ-ル


分子量: 653.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H88O3
#6: 化合物 ChemComp-L1P / 3-PHOSPHORYL-[1,2-DI-PHYTANYL]GLYCEROL / 1,2-DI-1-(3,7,11,15-TETRAMETHYL-HEXADECANE)-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / りん酸(2S)-2,3-ビス[[(3R,7R,11R)-3,7,11,15-テトラメチルヘキサデシル]オキシ]プロピル


分子量: 733.137 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H89O6P
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: membrane fusion method / pH: 5.2
詳細: 2.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate, 0.16M potasium chloride, 3M ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH 7, liquid propane, Membrane fusion method, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.912 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→44.2 Å / Num. all: 23074 / Num. obs: 21621 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 31.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 2.03→2.43 Å / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.521 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 2355 / Rsym value: 0.521 / % possible all: 71.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345dtbデータ収集
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1iw9

1iw9


解像度: 2.03→15 Å / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: THE AUTHOR DIDN'T USE THE DIFFRACTION DATA AT LOW RESOLUTIONS IN THE STRUCTRAL ANALYSIS. BECAUSE THE CRYSTAL CONTAINS NATIVE LIPIDS, THE R-FACTOR TENDS TO BECOME VERY HIGH AT A LOW RESOLUTION ...詳細: THE AUTHOR DIDN'T USE THE DIFFRACTION DATA AT LOW RESOLUTIONS IN THE STRUCTRAL ANALYSIS. BECAUSE THE CRYSTAL CONTAINS NATIVE LIPIDS, THE R-FACTOR TENDS TO BECOME VERY HIGH AT A LOW RESOLUTION (THAN 15 ANGSTROM). THIS IS PARTLY BECAUSE ALL THE NATIVE LIPIDS THAT MIGHT EXIST IN THE CRYSTAL ARE NOT INCLUDED IN THE MODEL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 18197 -RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.207 18197 88.3 %-
all-23984 --
原子変位パラメータBiso mean: 41.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.469 Å2-5.345 Å20 Å2
2---4.469 Å20 Å2
3---8.937 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.22 Å
Luzzati d res low-15 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1765 0 322 40 2127
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.17599
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006981
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.5706
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76763

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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