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- PDB-2zzd: Recombinant thiocyanate hydrolase, air-oxidized form of holo-enzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zzd
タイトルRecombinant thiocyanate hydrolase, air-oxidized form of holo-enzyme
要素(Thiocyanate hydrolase subunit ...) x 3
キーワードHYDROLASE / SCNASE / COBALT / METALLOPROTEIN / SULFENIC ACID / SULFINIC ACID / NITRILE HYDRATASE / THIOCYANATE / CARBONYL SULFIDE / CLAW SETTING / PROTEIN / ENZYME / COMPLEX / MODEL COMPLEX / NON-CORRIN / POST-TRANSLATIONAL MODIFICATION / SULFENATE / SULFINATE / CYSTEINE / OXIDATION / AUTOCATALYTIC ACTIVATION / AIR INACTIVATION / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


thiocyanate hydrolase / thiocyanate hydrolase activity / thiocyanate catabolic process / transition metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Thiocyanate hydrolase, gamma subunit / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile Hydratase; Chain A / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase beta subunit domain / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / : / Nitrile hydratase beta subunit, C-terminal / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / Nitrile hydratase alpha subunit /Thiocyanate hydrolase gamma subunit ...Thiocyanate hydrolase, gamma subunit / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile Hydratase; Chain A / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase beta subunit domain / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / : / Nitrile hydratase beta subunit, C-terminal / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / Nitrile hydratase alpha subunit /Thiocyanate hydrolase gamma subunit / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase, alpha chain / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma superfamily / SH3 type barrels. - #50 / Electron transport accessory-like domain superfamily / Cyclin A; domain 1 / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALT (III) ION / beta-D-glucopyranose / beta-D-fructofuranose / L(+)-TARTARIC ACID / Thiocyanate hydrolase subunit beta / Thiocyanate hydrolase subunit alpha / Thiocyanate hydrolase subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Thiobacillus thioparus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Arakawa, T. / Kawano, Y. / Katayama, Y. / Yohda, M. / Odaka, M.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Structural Basis for Catalytic Activation of Thiocyanate Hydrolase Involving Metal-Ligated Cysteine Modification
著者: Arakawa, T. / Kawano, Y. / Katayama, Y. / Nakayama, H. / Dohmae, N. / Yohda, M. / Odaka, M.
履歴
登録2009年2月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiocyanate hydrolase subunit alpha
B: Thiocyanate hydrolase subunit beta
C: Thiocyanate hydrolase subunit gamma
D: Thiocyanate hydrolase subunit alpha
E: Thiocyanate hydrolase subunit beta
F: Thiocyanate hydrolase subunit gamma
G: Thiocyanate hydrolase subunit alpha
H: Thiocyanate hydrolase subunit beta
I: Thiocyanate hydrolase subunit gamma
J: Thiocyanate hydrolase subunit alpha
K: Thiocyanate hydrolase subunit beta
L: Thiocyanate hydrolase subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)242,38924
ポリマ－240,83312
非ポリマー1,55712
水61,2873402
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area75430 Å2
ΔGint-394 kcal/mol
Surface area63620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.012, 170.756, 175.176
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A SCNASE DODECAMERIC COMPLEX AND FOUR EQUIVALENT CATALYTIC CENTERS ARE CONTAINED IN A MOLECULE.

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要素

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Thiocyanate hydrolase subunit ... , 3種, 12分子 ADGJBEHKCFIL

#1: タンパク質
Thiocyanate hydrolase subunit alpha


分子量: 14507.152 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thiobacillus thioparus (バクテリア)
株: THI115 / 遺伝子: scnA / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21AI / 参照: UniProt: O66187, thiocyanate hydrolase
#2: タンパク質
Thiocyanate hydrolase subunit beta


分子量: 18065.549 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thiobacillus thioparus (バクテリア)
株: THI115 / 遺伝子: scnB / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21AI / 参照: UniProt: O66186, thiocyanate hydrolase
#3: タンパク質
Thiocyanate hydrolase subunit gamma


分子量: 27635.428 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thiobacillus thioparus (バクテリア)
株: THI115 / 遺伝子: scnC / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21AI / 参照: UniProt: O66188, thiocyanate hydrolase

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糖 , 2種, 4分子

#4: 糖 ChemComp-FRU / beta-D-fructofuranose / beta-D-fructose / D-fructose / fructose / β-D-フルクトフラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DFrufbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-fructofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-FrufIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FruSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 3410分子

#5: 化合物
ChemComp-3CO / COBALT (III) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#6: 化合物
ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THIS PROTEIN CATALYZES THE PRODUCTION OF CARBONYL SULFIDE AND AMMONIA FROM THIOCYANATE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 1.5M Na/K Tartrate, 0.1M Potassium phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月10日 / 詳細: Mirror: 11.8m x 1.1m long bent plane mirror of ULE
放射モノクロメーター: 14.5m Triangular Si(111) with an asymmetric angle of 7.8 degrees
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→50 Å / Num. all: 327300 / Num. obs: 319150 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 15.8 Å2 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 13.9 / Num. measured all: 1677550
反射 シェル解像度: 1.78→1.84 Å / 冗長度: 5.1 % / Num. unique all: 30773 / Rsym value: 0.29 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DD5

2dd5


解像度: 1.78→40.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.001 / Data cutoff high absF: 54162.76 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.159 31002 10 %RANDOM
Rwork0.15 ---
obs0.15 309775 94.3 %-
all-327987 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 61.5298 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.62 Å20 Å20 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3---2.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.16 Å0.15 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.11 Å0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→40.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15749 0 92 3402 19243
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.32
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.196 4864 10.1 %
Rwork0.187 43087 -
obs--88.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4fructose.paramfructose.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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