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万見
- PDB-2zyz: Pyrobaculum aerophilum splicing endonuclease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zyz
タイトルPyrobaculum aerophilum splicing endonuclease
要素
  • Putative uncharacterized protein PAE0789
  • tRNA-splicing endonuclease
キーワードSPLICING / splicing endonuclease / Crenarchaea / heterotetramer / RNA processing / Endonuclease / Hydrolase / Nuclease / tRNA processing
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-type intron splice site recognition and cleavage / tRNA-intron lyase / tRNA-intron endonuclease activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity
類似検索 - 分子機能
tRNA-splicing endonuclease, archaeal short subfamily / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain superfamily / tRNA intron endonuclease, N-terminal / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like / tRNA intron endonuclease, catalytic C-terminal domain / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like superfamily / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #10 ...tRNA-splicing endonuclease, archaeal short subfamily / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain superfamily / tRNA intron endonuclease, N-terminal / tRNA intron endonuclease, N-terminal domain / tRNA-splicing endonuclease / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like / tRNA intron endonuclease, catalytic C-terminal domain / tRNA intron endonuclease, catalytic domain-like superfamily / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #10 / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 / tRNA endonuclease-like domain superfamily / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA-splicing endonuclease / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrobaculum aerophilum (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Yoshinari, S. / Inaoka, D.K. / Watanabe, Y. / Shiba, T. / Kurisu, G. / Harada, S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009
タイトル: Functional importance of crenarchaea-specific extra-loop revealed by an X-ray structure of a heterotetrameric crenarchaeal splicing endonuclease
著者: Yoshinari, S. / Shiba, T. / Inaoka, D.K. / Itoh, T. / Kurisu, G. / Harada, S. / Kita, K. / Watanabe, Y.
履歴
登録2009年1月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年1月25日Group: Source and taxonomy
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein PAE0789
B: tRNA-splicing endonuclease
C: Putative uncharacterized protein PAE0789
D: tRNA-splicing endonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2554
ポリマ－68,2554
非ポリマー00
水7,981443
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10250 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area24500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.762, 70.726, 131.024
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein PAE0789 / splicing endonuclease structural subunit


分子量: 13321.423 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrobaculum aerophilum (古細菌) / 株: IM2 / 遺伝子: PAE0789 / プラスミド: pETDuet-PAE-EndA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami(DE3) / 参照: UniProt: Q8ZYG6
#2: タンパク質 tRNA-splicing endonuclease / splicing endonuclease catalytic subunit / tRNA-intron endonuclease


分子量: 20806.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrobaculum aerophilum (古細菌) / 株: IM2 / 遺伝子: PAE2269 / プラスミド: pETDuet-PAE-EndA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami(DE3) / 参照: UniProt: Q8ZVI1, EC: 3.1.27.9
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.5M LiSO4, 15% PEG8000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月16日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 72101 / Num. obs: 69133 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.329 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 6611 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7→33.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 2.429 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25157 3500 5.1 %RANDOM
Rwork0.20975 ---
all0.2119 69133 --
obs0.2119 65559 95.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.906 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→33.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4479 0 0 443 4922
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224885
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7111.9886612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6665625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.19422.679224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.45115948
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4881548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.2732
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023650
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.22350
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.23349
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.120.2380
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2420.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1471.52986
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.89124707
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.52432153
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7534.51877
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 233 -
Rwork0.283 4656 -
obs-4656 93.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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