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万見
- PDB-2zy5: R487A mutant of L-aspartate beta-decarboxylase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zy5
タイトルR487A mutant of L-aspartate beta-decarboxylase
要素L-aspartate beta-decarboxylase
キーワードLYASE / pyridoxal 5'-phosphate / aminotransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate 4-decarboxylase / aspartate 4-decarboxylase activity / alanine biosynthetic process / aspartate metabolic process / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Histone, subunit A - #110 / Aspartate 4-decarboxylase / : / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Histone, subunit A / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 ...Histone, subunit A - #110 / Aspartate 4-decarboxylase / : / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Histone, subunit A / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Bifunctional aspartate aminotransferase and L-aspartate beta-decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Alcaligenes faecalis subsp. faecalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Chen, H.-J. / Ko, T.-P. / Lee, C.-Y. / Wang, N.-C. / Wang, A.H.-J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structure, Assembly, and Mechanism of a PLP-Dependent Dodecameric l-Aspartate beta-Decarboxylase
著者: Chen, H.-J. / Ko, T.-P. / Lee, C.-Y. / Wang, N.-C. / Wang, A.H.-J.
履歴
登録2009年1月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-aspartate beta-decarboxylase
B: L-aspartate beta-decarboxylase
C: L-aspartate beta-decarboxylase
D: L-aspartate beta-decarboxylase
E: L-aspartate beta-decarboxylase
F: L-aspartate beta-decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)368,00712
ポリマ－366,5246
非ポリマー1,4836
水34,2101899
1
A: L-aspartate beta-decarboxylase
B: L-aspartate beta-decarboxylase
C: L-aspartate beta-decarboxylase
D: L-aspartate beta-decarboxylase
E: L-aspartate beta-decarboxylase
F: L-aspartate beta-decarboxylase
ヘテロ分子

A: L-aspartate beta-decarboxylase
B: L-aspartate beta-decarboxylase
C: L-aspartate beta-decarboxylase
D: L-aspartate beta-decarboxylase
E: L-aspartate beta-decarboxylase
F: L-aspartate beta-decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)736,01424
ポリマ－733,04812
非ポリマー2,96612
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area79280 Å2
ΔGint-237 kcal/mol
Surface area188990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.953, 216.215, 208.582
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1544-

HOH

21E-1477-

HOH

31E-1485-

HOH

41E-1513-

HOH

51E-1559-

HOH

61F-1693-

HOH

71F-1867-

HOH

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要素

#1: タンパク質
L-aspartate beta-decarboxylase


分子量: 61087.363 Da / 分子数: 6 / 変異: R487A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alcaligenes faecalis subsp. faecalis (バクテリア)
株: subsp. faecalis / 遺伝子: asdA-AF / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q93QX0, aspartate 4-decarboxylase
#2: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1899 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 15% PEG 4000, 0.1M lithium sulfate, 0.1M Tris-HCl (pH7.4), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月28日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→30 Å / Num. all: 105354 / Num. obs: 97136 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 1.69 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 1.85 % / Rmerge(I) obs: 0.446 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 9108 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
Blu-Iceデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ZY4

2zy4


解像度: 2.65→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2385 4317 -RANDOM
Rwork0.175 ---
all0.178 85058 --
obs0.178 80741 86.7 %-
溶媒の処理Bsol: 32.773 Å2
原子変位パラメータBiso max: 118.92 Å2 / Biso mean: 40.056 Å2 / Biso min: 7.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.694 Å20 Å20 Å2
2---1.975 Å20 Å2
3----7.719 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.47 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24224 0 90 1899 26213
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.84378
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01426
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / Rfactor Rfree error: 0.0857
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3641 368 -
Rwork0.2784 --
obs-7130 73.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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