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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zwl | ||||||
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タイトル | Human factor viia-tissue factor complexed with highly selective peptide inhibitor | ||||||
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![]() | HYDROLASE/BLOOD CLOTTING / serine protease / alternative splicing / blood coagulation / calcium / cleavage on pair of basic residues / disease mutation / EGF-like domain / gamma-carboxyglutamic acid / glycoprotein / hydrolase / hydroxylation / pharmaceutical / polymorphism / protease / zymogen / lipoprotein / membrane / palmitate / transmembrane / HYDROLASE-BLOOD CLOTTING complex / Secreted | ||||||
機能・相同性 | ![]() activation of blood coagulation via clotting cascade / activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / coagulation factor VIIa / response to Thyroid stimulating hormone / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / response to astaxanthin / response to thyrotropin-releasing hormone / response to genistein / serine-type peptidase complex / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway ...activation of blood coagulation via clotting cascade / activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / coagulation factor VIIa / response to Thyroid stimulating hormone / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / response to astaxanthin / response to thyrotropin-releasing hormone / response to genistein / serine-type peptidase complex / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / response to vitamin K / response to carbon dioxide / response to thyroxine / NGF-stimulated transcription / response to cholesterol / response to growth hormone / positive regulation of positive chemotaxis / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of leukocyte chemotaxis / cytokine receptor activity / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of blood coagulation / animal organ regeneration / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / positive regulation of endothelial cell proliferation / serine-type peptidase activity / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / positive regulation of interleukin-8 production / protein processing / phospholipid binding / cytokine-mediated signaling pathway / Golgi lumen / circadian rhythm / response to estrogen / positive regulation of angiogenesis / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / blood coagulation / response to estradiol / collagen-containing extracellular matrix / protease binding / vesicle / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / cell surface / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kadono, S. / Sakamoto, A. / Kikuchi, Y. / Oh-Eda, M. / Yabuta, N. / Koga, T. / Hattori, K. / Shiraishi, T. / Haramura, M. / Sato, H. ...Kadono, S. / Sakamoto, A. / Kikuchi, Y. / Oh-Eda, M. / Yabuta, N. / Koga, T. / Hattori, K. / Shiraishi, T. / Haramura, M. / Sato, H. / Ohta, M. / Kozono, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Human factor viia-tissue factor complexed with highly selective peptide inhibitor 著者: Kadono, S. / Sakamoto, A. / Kikuchi, Y. / Oh-Eda, M. / Yabuta, N. / Koga, T. / Hattori, K. / Shiraishi, T. / Haramura, M. / Sato, H. / Ohta, M. / Kozono, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 146.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 111.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 881.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 894.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1danS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 LHT
#1: タンパク質 | 分子量: 17487.076 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 61-212 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P08709, coagulation factor VIIa |
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#2: タンパク質 | 分子量: 28103.256 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 213-466 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P08709, coagulation factor VIIa |
#3: タンパク質 | 分子量: 24697.398 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 33-250 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
-糖 , 2種, 2分子 ![](data/chem/img/BGC.gif)
![](data/chem/img/FUC.gif)
![](data/chem/img/FUC.gif)
#4: 糖 | ChemComp-BGC / |
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#5: 糖 | ChemComp-FUC / |
-非ポリマー , 3種, 414分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/567.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/567.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: 化合物 | ChemComp-CA / #7: 化合物 | ChemComp-567 / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.29 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 8% PEG 5000, 0.1M sodium chloride, 0.005M calcium chloride, 0.1M cacodylate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年12月4日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Confocal Blue Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 37458 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.44 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 15.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 4.14 / % possible all: 99.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1DAN 解像度: 2.2→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
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