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万見
- PDB-2zvr: Crystal structure of a D-tagatose 3-epimerase-related protein fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zvr
タイトルCrystal structure of a D-tagatose 3-epimerase-related protein from Thermotoga maritima
要素Uncharacterized protein TM_0416
キーワードISOMERASE / hyperthermophile / Thermotoga maritima / ketohexose 3-epimerase / D-tagatose 3-epimerase
機能・相同性
機能・相同性情報


異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; アルドース - ケトースの相互変換 / 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; 炭水化物およびその類縁体に作用 / inositol metabolic process / isomerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-keto-L-gluconate epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Sakuraba, H. / Ohshima, T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Structure of a D-tagatose 3-epimerase-related protein from the hyperthermophilic bacterium Thermotoga maritima
著者: Sakuraba, H. / Yoneda, K. / Satomura, T. / Kawakami, R. / Ohshima, T.
履歴
登録2008年11月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月25日Group: Database references
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein TM_0416
B: Uncharacterized protein TM_0416


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3552
ポリマ－65,3552
非ポリマー00
水4,161231
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Uncharacterized protein TM_0416


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6771
ポリマ－32,6771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Uncharacterized protein TM_0416


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6771
ポリマ－32,6771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.245, 55.211, 58.714
Angle α, β, γ (deg.)107.14, 102.71, 91.54
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein TM_0416 / D-tagatose 3-epimerase homologue


分子量: 32677.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM_0416 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WYP7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20-30% PEG 200, 5% PEG 1000, 0.1M MES, pH 6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年9月3日
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→37.63 Å / Num. obs: 29673 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 24.1 Å2
反射 シェル解像度: 2.17→2.25 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2→37.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1207194.3 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 2961 10 %RANDOM
Rwork0.199 ---
all0.203 ---
obs0.199 29669 95.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.0099 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å2-0.07 Å20.14 Å2
2---0.29 Å2-0.12 Å2
3----0.03 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å-0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→37.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4150 0 0 231 4381
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.72
LS精密化 シェル解像度: 2.17→2.31 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 470 9.8 %
Rwork0.174 4316 -
obs--92.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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