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- PDB-2zvb: Crystal structure of TT0207 from Thermus thermophilus HB8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zvb
タイトルCrystal structure of TT0207 from Thermus thermophilus HB8
要素Precorrin-3 C17-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Methyltransferase / Plasmid / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


cobalamin biosynthetic process / methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
Precorrin-3B C17-methyltransferase domain / : / Tetrapyrrole methylase, C-terminal domain / Methyltransferase, Cobalt-precorrin-4 Transmethylase; Domain 2 / Tetrapyrrole methylase, N-terminal domain / Tetrapyrrole methylase, subdomain 2 / Cobalt-precorrin-4 Transmethylase; domain 1 / Tetrapyrrole methylase / Tetrapyrrole (Corrin/Porphyrin) Methylases / Tetrapyrrole methylase, subdomain 1 ...Precorrin-3B C17-methyltransferase domain / : / Tetrapyrrole methylase, C-terminal domain / Methyltransferase, Cobalt-precorrin-4 Transmethylase; Domain 2 / Tetrapyrrole methylase, N-terminal domain / Tetrapyrrole methylase, subdomain 2 / Cobalt-precorrin-4 Transmethylase; domain 1 / Tetrapyrrole methylase / Tetrapyrrole (Corrin/Porphyrin) Methylases / Tetrapyrrole methylase, subdomain 1 / Tetrapyrrole methylase superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Precorrin-3 C17-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Shimizu, K. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of TT0207 from Thermus thermophilus HB8
著者: Shimizu, K. / Kunishima, N.
履歴
登録2008年11月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Precorrin-3 C17-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1702
ポリマ－31,7851
非ポリマー3841
水3,891216
1
A: Precorrin-3 C17-methyltransferase
ヘテロ分子

A: Precorrin-3 C17-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3404
ポリマ－63,5712
非ポリマー7692
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area6420 Å2
ΔGint-26.7 kcal/mol
Surface area18780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.318, 86.456, 126.343
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-477-

HOH

21A-488-

HOH

31A-506-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Precorrin-3 C17-methyltransferase


分子量: 31785.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q53WA6
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.6353.3
2
結晶化温度: 295 K / pH: 9
詳細: 20w/v(%) PEG550 MME, 0.1M Bicine, 0.1M Na Chlor, pH9.0, Oil microbatch, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL26B211
シンクロトロンSPring-8 BL26B220.97912, 0.97944, 0.97700, 0.98400
検出器
タイプID検出器日付詳細
RIGAKU RAXIS V1IMAGE PLATE2005年7月14日Mirror
RIGAKU RAXIS V2IMAGE PLATE2005年7月14日Mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MirrorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MirrorMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.979121
30.979441
40.9771
50.9841
反射解像度: 2→40 Å / Num. all: 23057 / Num. obs: 23057 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 13.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rsym value: 0.123 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.225 / Mean I/σ(I) obs: 3.62 / Rsym value: 0.208 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
BSSデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→35.68 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2330768.55 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 1165 5.1 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.211 23057 100 %-
all-23057 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.1425 Å2 / ksol: 0.328342 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.38 Å20 Å20 Å2
2---2.46 Å20 Å2
3---10.84 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→35.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1974 0 26 216 2216
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.521.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.392
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.232
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.462.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 215 5.7 %
Rwork0.242 3541 -
obs--98.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4sah.paramsah.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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