+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zug | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of WSSV ICP11 | ||||||
![]() | ORF115 (WSSV285) (Wsv230) | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / DNA mimic protein / dimer / White spot syndrome virus | ||||||
機能・相同性 | VP9 protein domain / White spot syndrome virus (WSSV), Orf116/126, N-terminal / VP9, N-terminal domain superfamily / VP9 protein / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / ICP11/P9![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, A.H.-J. / Wang, H.-C. / Ko, T.-P. / Lo, C.-F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: White spot syndrome virus protein ICP11: A histone-binding DNA mimic that disrupts nucleosome assembly 著者: Wang, H.-C. / Wang, H.-C. / Ko, T.-P. / Lee, Y.-M. / Leu, J.-H. / Ho, C.-H. / Huang, W.-P. / Lo, C.-F. / Wang, A.H.-J. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 39.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 31.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10477.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Taiwan isolate / 遺伝子: white spot syndrome virus / プラスミド: pET21b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.01 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M sodium acetate trihydrate, 2.2M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 |
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 |
| ||||||||||||||||||
検出器 |
| ||||||||||||||||||
放射 |
| ||||||||||||||||||
放射波長 |
| ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.72→30 Å / Num. all: 11756 / Num. obs: 11437 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 30.3 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.72→2.82 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.644 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 1158 / % possible all: 88.2 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 66.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.72→29.25 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.72→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.035
|