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- PDB-2ztn: Hepatitis E virus ORF2 (Genotype 3) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ztn
タイトルHepatitis E virus ORF2 (Genotype 3)
要素Capsid protein
キーワードVIRUS / HEV
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / host cell endoplasmic reticulum / host cell Golgi apparatus / host cell surface / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #190 / Hepatitis E virus structural protein 2 / Structural protein 2 nucleoplasmin-like domain / : / Structural protein 2 second domain / : / Structural protein 2 C-terminal domain / Jelly Rolls - #20 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Viral coat protein subunit ...Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #190 / Hepatitis E virus structural protein 2 / Structural protein 2 nucleoplasmin-like domain / : / Structural protein 2 second domain / : / Structural protein 2 C-terminal domain / Jelly Rolls - #20 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pro-secreted protein ORF2
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.56 Å
データ登録者Yamashita, T. / Unno, H. / Mori, Y. / Li, T.C. / Takeda, N. / Matsuura, Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Biological and immunological characteristics of hepatitis E virus-like particles based on the crystal structure
著者: Yamashita, T. / Mori, Y. / Miyazaki, N. / Cheng, R.H. / Yoshimura, M. / Unno, H. / Shima, R. / Moriishi, K. / Tsukihara, T. / Li, T.C. / Takeda, N. / Miyamura, T. / Matsuura, Y.
履歴
登録2008年10月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6101
ポリマ－51,6101
非ポリマー00
水00
1
A: Capsid protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,096,62460
ポリマ－3,096,62460
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Capsid protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 258 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,0525
ポリマ－258,0525
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Capsid protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 310 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)309,6626
ポリマ－309,6626
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
単位格子
Length a, b, c (Å)336.864, 349.423, 359.595
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(-0.24738, -0.96068, -0.12606), (0.43495, -0.22636, 0.87154), (-0.86581, 0.16077, 0.47385)4.85432, -7.99233, 6.6926
3generate(-0.24733, 0.43491, -0.86584), (-0.96069, -0.22638, 0.16071), (-0.12612, 0.87155, 0.47381)10.47059, 1.78299, 4.41256
4generate(0.42815, 0.06538, -0.90134), (-0.55258, 0.80814, -0.20386), (0.71508, 0.58535, 0.38214)8.66324, 3.27993, 2.50986
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58generate(-0.96515, -0.17182, -0.19738), (-0.17178, -0.153, 0.97318), (-0.19741, 0.97317, 0.11815)7.58174, -6.89642, 7.34042
59generate(-0.04894, 0.13078, -0.9902), (0.98221, 0.18624, -0.02395), (0.18128, -0.97376, -0.13757)10.81796, -2.81667, 8.19261
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-
要素

#1: タンパク質 Capsid protein


分子量: 51610.402 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 129-606 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis E virus (E 型肝炎ウイルス)
株: Genotype 3 / プラスミド: pFastBac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Tn5 / 参照: UniProt: Q1AHU7

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 12

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8
詳細: 5% PEG10000, 100mM Tris, pH8.0, EVAPORATION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月26日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.56→50 Å / Num. all: 503674 / Num. obs: 503674 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 9.8 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.131
反射 シェル解像度: 3.56→3.68 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.498 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 44942 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.56→20 Å / σ(I): 3.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 --
Rwork0.305 --
obs-503674 99 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.56→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3590 0 0 0 3590

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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