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万見
- PDB-2ztd: MtRuvA Form III -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ztd
タイトルMtRuvA Form III
要素Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / RECOMBINATION / branch migration / Holliday junction / DNA binding / oligomerization / acidic pin / ATP-binding / DNA damage / DNA recombination / DNA repair / DNA-binding / Helicase / Hydrolase / Nucleotide-binding / SOS response
機能・相同性
機能・相同性情報


Holliday junction helicase complex / Holliday junction resolvase complex / four-way junction helicase activity / SOS response / four-way junction DNA binding / double-strand break repair via homologous recombination / DNA recombination / DNA helicase / DNA repair / DNA damage response ...Holliday junction helicase complex / Holliday junction resolvase complex / four-way junction helicase activity / SOS response / four-way junction DNA binding / double-strand break repair via homologous recombination / DNA recombination / DNA helicase / DNA repair / DNA damage response / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Holliday junction DNA helicase RuvA, C-terminal / DNA helicase, Holliday junction RuvA type, domain I, bacterial / RuvA, C-terminal domain superfamily / RuvA N terminal domain / RuvA, C-terminal domain / Bacterial DNA recombination protein RuvA / Ubiquitin-associated (UBA) domain / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 ...Holliday junction DNA helicase RuvA, C-terminal / DNA helicase, Holliday junction RuvA type, domain I, bacterial / RuvA, C-terminal domain superfamily / RuvA N terminal domain / RuvA, C-terminal domain / Bacterial DNA recombination protein RuvA / Ubiquitin-associated (UBA) domain / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Nucleic acid-binding proteins / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvA / Holliday junction branch migration complex subunit RuvA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Prabu, J.R. / Thamotharan, S. / Khanduja, J.S. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2009
タイトル: Crystallographic and modelling studies on Mycobacterium tuberculosis RuvA Additional role of RuvB-binding domain and inter species variability
著者: Prabu, J.R. / Thamotharan, S. / Khanduja, J.S. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M.
履歴
登録2008年10月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvA
B: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1096
ポリマ－43,7402
非ポリマー3684
水2,036113
1
A: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvA
B: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvA
ヘテロ分子

A: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvA
B: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvA
ヘテロ分子

A: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvA
B: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvA
ヘテロ分子

A: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvA
B: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,43424
ポリマ－174,9618
非ポリマー1,47416
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area25600 Å2
ΔGint-187.4 kcal/mol
Surface area61720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.670, 94.830, 99.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-511-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A 1-131, 147-194
211chain B 1-131, 147-194

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要素

#1: タンパク質 Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvA


分子量: 21870.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: ruvA / プラスミド: pMTRA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P66744, UniProt: P9WGW3*PLUS, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.41 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Crystallized in the presence of equimolar Holliday Junction using 0.1M sodium succinate, pH5.0, 1.4M ammonium sulfate, pH8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年9月4日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: OSMIC MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 15211 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 29.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.454 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 2307 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
MAR345dtbデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2H5X

2h5x


解像度: 2.4→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 1054 6.93 %RANDOM
Rwork0.2043 ---
obs0.2043 15210 --
原子変位パラメータBiso mean: 37.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.3932 Å20 Å20 Å2
2---3.0406 Å20 Å2
3----1.3526 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2675 0 24 113 2812
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.897
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.108
X-RAY DIFFRACTIONf_improper_angle_d0.8
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1316X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1316X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.063
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.5 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3327 131 -
Rwork0.2467 --
obs-1834 96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.53430.1382-0.41290.6323-0.23230.25510.0565-0.218-0.00670.1469-0.1373-0.2536-0.13290.1358-0.16050.0097-0.0080.07360.0219-0.0334-0.0148-25.70642.352613.861
20.05860.00390.01120.0190.00920.04480.1702-0.07480.21740.0414-0.17560.0775-0.14370.174400.1822-0.09090.05820.2108-0.0360.1885-11.504315.500723.2457
30.02460.0101-0.01270.03950.0136-0.00020.12780.02630.28320.0161-0.2320.07670.04730.2134-0.00060.2290.01650.08850.1308-0.03330.1796-19.716836.14870.1763
40.0593-0.07370.03730.1565-0.05170.30980.052-0.02850.0101-0.2690.0773-0.02760.0799-0.24630.1473-0.15770.2348-0.0698-0.16510.03880.084-18.651433.59847.2804
50.09650.03070.0130.03870.00050.05840.16110.3469-0.3758-0.2080.09570.0187-0.0571-0.03470.00080.10310.0343-0.05670.2248-0.04310.1853-32.869724.345134.0562
60.0025-0.0442-0.01810.03140.00850.04360.02660.1562-0.1208-0.03680.08390.06810.05990.0972-0.00010.26180.04490.04870.2266-0.04870.141-24.736347.818713.4515
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A 1-63
2X-RAY DIFFRACTION2chain A 65-131
3X-RAY DIFFRACTION3chain A 147-194
4X-RAY DIFFRACTION4chain B 1-63
5X-RAY DIFFRACTION5chain B 65-131
6X-RAY DIFFRACTION6chain B 147-194

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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