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- PDB-2ztb: Crystal structure of the parasporin-2 Bacillus thuringiensis toxi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ztb
タイトルCrystal structure of the parasporin-2 Bacillus thuringiensis toxin that recognizes cancer cells
要素Crystal protein
キーワードTOXIN / beta-hairpin
機能・相同性
機能・相同性情報


Immunoglobulin-like - #3040 / Immunoglobulin-like - #4280 / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A - #50 / Aerolysin-like toxin / Clostridium epsilon toxin ETX/Bacillus mosquitocidal toxin MTX2 / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Crystal protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thuringiensis serovar dakota (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Akiba, T.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the parasporin-2 Bacillus thuringiensis toxin that recognizes cancer cells
著者: Akiba, T. / Abe, Y. / Kitada, S. / Kusaka, Y. / Ito, A. / Ichimatsu, T. / Katayama, H. / Akao, T. / Higuchi, K. / Mizuki, E. / Ohba, M. / Kanai, R. / Harata, K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Crystallization of parasporin-2, a Bacillus thuringiensis crystal protein with selective cytocidal activity against human cells
著者: Akiba, T. / Abe, Y. / Kitada, S. / Kusaka, Y. / Ito, A. / Ichimatsu, T. / Katayama, H. / Akao, T. / Higuchi, K. / Mizuki, E. / Ohba, M. / Kanai, R. / Harata, K.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: A Bacillus thuringiensis crystal protein with selective cytocidal action to human cells
著者: Ito, A. / Sasaguri, Y. / Kitada, S. / Kusaka, Y. / Kuwano, K. / Masutomi, K. / Mizuki, E. / Akao, T. / Ohba, M.
履歴
登録2008年9月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Crystal protein
B: Crystal protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,06812
ポリマ－55,0752
非ポリマー99310
水5,224290
1
A: Crystal protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1667
ポリマ－27,5381
非ポリマー6286
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Crystal protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9025
ポリマ－27,5381
非ポリマー3654
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.829, 136.829, 119.268
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Crystal protein


分子量: 27537.568 Da / 分子数: 2
断片: the proteolytically activated form, UNP residues 52-302
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis serovar dakota (バクテリア)
株: A1547 / プラスミド: pET-23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7WZI1

-
非ポリマー , 5種, 300分子

#2: 化合物 ChemComp-LU / LUTETIUM (III) ION / LU


分子量: 174.967 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Lu
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 16% (v/v) ethylene glycol, 8% (w/v) PEG 3350, 1mM TCEP, 50mM HEPES-NaOH, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1.3403, 1.3408, 1.3460
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月11日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.34031
21.34081
31.3461
反射解像度: 2.38→29.75 Å / Num. obs: 50770 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 62.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 26.2
反射 シェル解像度: 2.38→2.51 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 7356 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.38→29.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 8.442 / SU ML: 0.112 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22212 5121 10.1 %RANDOM
Rwork0.19064 ---
obs0.19377 45647 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.421 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å20.23 Å20 Å2
2--0.46 Å20 Å2
3----0.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→29.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3806 0 32 290 4128
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223910
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3371.9465328
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4365493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.12924160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.90315605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4191520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2637
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022928
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.21526
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.22703
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2236
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1990.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1710.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6151.52520
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.07624062
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.64331550
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6054.51266
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.38→2.441 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.335 389
Rwork0.276 3314
obs-3703
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
114.5486-4.2846-0.43911.7757-0.03950.0687-0.1948-0.75920.40450.05290.1427-0.20770.14350.10250.0521-0.26120.0522-0.02290.035-0.0492-0.31627.15157.1525.089
22.4027-2.4067-0.22145.02410.25080.6165-0.07780.0729-0.00650.0747-0.07940.08060.038-0.2110.1572-0.24230.02450.0083-0.21580.0183-0.307651.17323.80711.706
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A52 - 298
2X-RAY DIFFRACTION2B51 - 298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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