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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zr9 | ||||||
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タイトル | MsRecA Q196E dATP form IV | ||||||
![]() | Protein recA | ||||||
![]() | HYDROLASE / recombination / RecA mutants / DNA-REPAIR / ATP-binding / DNA damage / DNA recombination / DNA repair / DNA-binding / Nucleotide-binding / SOS response | ||||||
機能・相同性 | ![]() ATP-dependent DNA damage sensor activity / SOS response / single-stranded DNA binding / DNA recombination / damaged DNA binding / DNA repair / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Prabu, J.R. / Manjunath, G.P. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Functionally important movements in RecA molecules and filaments: studies involving mutation and environmental changes 著者: Prabu, J.R. / Manjunath, G.P. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 76.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 55.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2zr0C ![]() 2zr7C ![]() 2zraC ![]() 2zrbC ![]() 2zrcC ![]() 2zrdC ![]() 2zreC ![]() 2zrfC ![]() 2zrgC ![]() 2zrhC ![]() 2zriC ![]() 2zrjC ![]() 2zrkC ![]() 2zrlC ![]() 2zrmC ![]() 2zrnC ![]() 2zroC ![]() 2zrpC ![]() 1ubcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37345.473 Da / 分子数: 1 / 変異: Q196E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PTHIOA / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-DTP / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.26 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 80mM citrate/phosphate buffer(pH 6.9), 80mM NaCl, 40mM ammonium acetate, 20mM sodium citrate, 6% poly-ethylene glycol 3350, 30% poly-ethylene glycol 3350, 200mM ammonium acetate in sodium ...詳細: 80mM citrate/phosphate buffer(pH 6.9), 80mM NaCl, 40mM ammonium acetate, 20mM sodium citrate, 6% poly-ethylene glycol 3350, 30% poly-ethylene glycol 3350, 200mM ammonium acetate in sodium citrate buffer(PH 5.8), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年6月17日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 15503 / Num. obs: 15503 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 38.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 16.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.464 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 2247 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1UBC 解像度: 2.5→29.43 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1452441.2 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.9974 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.43 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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