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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zop | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of a CRISPR-associated Cmr5 family protein from Thermus thermophilus HB8 | ||||||
要素 | Putative uncharacterized protein TTHB164 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / All alpha proteins / Plasmid / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Sakamoto, K. / Agari, Y. / Shinkai, A. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2009 タイトル: X-ray crystal structure of a CRISPR-associated RAMP superfamily protein, Cmr5, from Thermus thermophilus HB8 著者: Sakamoto, K. / Agari, Y. / Agari, K. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. / Shinkai, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2zop.cif.gz | 138.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2zop.ent.gz | 117.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2zop.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2zop_validation.pdf.gz | 480.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2zop_full_validation.pdf.gz | 492.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2zop_validation.xml.gz | 27.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2zop_validation.cif.gz | 38 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/2zop ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/2zop | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13075.657 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) 遺伝子: TTHB164 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q53W05 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M sodium acetate, 1.7M ammonium sulfate, 0.03M DTT, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月21日 詳細: A fixed exit Si double crystal monochromator followed by a two dimensional focusing mirror which is coated in rhodium. |
放射 | モノクロメーター: Fixed exit Si double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 45600 / Num. obs: 45600 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 21.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 51.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.314 / Mean I/σ(I) obs: 9.4 / Num. unique all: 4488 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→43.62 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 4139235.16 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.4646 Å2 / ksol: 0.379875 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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