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- PDB-2zof: Crystal structure of mouse carnosinase CN2 complexed with MN and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zof
タイトルCrystal structure of mouse carnosinase CN2 complexed with MN and bestatin
要素Cytosolic non-specific dipeptidase
キーワードHYDROLASE / METALLOPEPTIDASE / PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX / CNDP2 / CNDP dipeptidase 2 / CN2 / bestatin / L-carnosine / carnosinase / Mn / Carboxypeptidase / Metal-binding / Metalloprotease / Protease / Zinc
機能・相同性
機能・相同性情報


Glutathione synthesis and recycling / cytosol nonspecific dipeptidase / : / Paracetamol ADME / metallodipeptidase activity / dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / peptidase activity / proteolysis / nucleoplasm ...Glutathione synthesis and recycling / cytosol nonspecific dipeptidase / : / Paracetamol ADME / metallodipeptidase activity / dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / peptidase activity / proteolysis / nucleoplasm / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytosolic nonspecific dipeptidase/DUG1 / : / ArgE / dapE / ACY1 / CPG2 / yscS family signature 2. / ArgE/DapE/ACY1/CPG2/YscS, conserved site / Alpha-Beta Plaits - #360 / Peptidase M20, dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 / Zn peptidases ...Cytosolic nonspecific dipeptidase/DUG1 / : / ArgE / dapE / ACY1 / CPG2 / yscS family signature 2. / ArgE/DapE/ACY1/CPG2/YscS, conserved site / Alpha-Beta Plaits - #360 / Peptidase M20, dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BES / : / Cytosolic non-specific dipeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Unno, H. / Yamashita, T. / Okumura, N. / Kusunoki, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structural basis for substrate recognition and hydrolysis by mouse carnosinase CN2.
著者: Unno, H. / Yamashita, T. / Ujita, S. / Okumura, N. / Otani, H. / Okumura, A. / Nagai, K. / Kusunoki, M.
履歴
登録2008年5月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytosolic non-specific dipeptidase
B: Cytosolic non-specific dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,2738
ポリマ－106,4372
非ポリマー8366
水8,503472
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9150 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area34730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.496, 199.181, 55.215
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 474 / Label seq-ID: 5 - 478

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Cytosolic non-specific dipeptidase / CNDP dipeptidase 2 / Glutamate carboxypeptidase-like protein 1


分子量: 53218.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cndp2, Cn2 / プラスミド: PGEX-4T3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9D1A2, cytosol nonspecific dipeptidase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-BES / 2-(3-AMINO-2-HYDROXY-4-PHENYL-BUTYRYLAMINO)-4-METHYL-PENTANOIC ACID / BESTATIN / ベスタチン


分子量: 308.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H24N2O4 / コメント: プロテアーゼ阻害剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.06 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 20% PEG 3350, 20% GLYCEROL, 0.2M HF, 25MH TRIS-HCL, 50MM NACL, 0.2MM MNCL2, 1MM DTT, 30MM BESTATIN, pH 7.40, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1.8926, 1.8941, 1.7926
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月7日
放射モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.89261
21.89411
31.79261
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 39799 / % possible obs: 86.8 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 46.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.235 / % possible all: 30.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→43.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 7.358 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.55 / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 2016 5.1 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.194 37748 86.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å2-0.02 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→43.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7458 0 48 472 7978
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0227670
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4241.97610364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.295954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.17924.762336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.296151344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.0061534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21118
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025796
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.23711
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.25132
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.2540
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3170.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0680.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8761.54863
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4727616
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.20233189
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6414.52748
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3702 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.010.02
tight thermal0.330.2
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 42 -
Rwork0.271 894 -
obs--27.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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