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- PDB-2znb: METALLO-BETA-LACTAMASE (CADMIUM-BOUND FORM) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2znb
タイトルMETALLO-BETA-LACTAMASE (CADMIUM-BOUND FORM)
要素METALLO-BETA-LACTAMASE
キーワードHYDROLASE / BETA-LACTAMASE / METALLO BETA-LACTAMASE / CADMIUM
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Concha, N.O. / Herzberg, O.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997
タイトル: Crystal structures of the cadmium- and mercury-substituted metallo-beta-lactamase from Bacteroides fragilis.
著者: Concha, N.O. / Rasmussen, B.A. / Bush, K. / Herzberg, O.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Crystal Structure of the Wide-Spectrum Binuclear Zinc Beta-Lactamase from Bacteroides Fragilis
著者: Concha, N.O. / Rasmussen, B.A. / Bush, K. / Herzberg, O.
#2: ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 1992
タイトル: Biochemical Characterization of the Metallo-Beta-Lactamase Ccra from Bacteroides Fragilis Tal3636
著者: Yang, Y. / Rasmussen, B.A. / Bush, K.
履歴
登録1997年10月14日処理サイト: BNL
改定 1.01998年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42023年8月9日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METALLO-BETA-LACTAMASE
B: METALLO-BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0378
ポリマ－50,5412
非ポリマー4966
水5,170287
1
A: METALLO-BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5184
ポリマ－25,2701
非ポリマー2483
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: METALLO-BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5184
ポリマ－25,2701
非ポリマー2483
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.086, 78.086, 139.746
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-303-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 METALLO-BETA-LACTAMASE / CLASS B BETA-LACTAMASE


分子量: 25270.494 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CADMIUM IS BOUND IN THE ACTIVE SITE BINUCLEAR CENTER
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア)
株: QMCN3 / 細胞株: BL21 / 遺伝子: CCRA3 (WITHOUT SIGNAL SEQUENCE)
Plasmid details: MK16 DERIVATIVE HARBORING THE T7 EXPRESSION REGION OF PET3 CLONED WITHIN THE TETRACYCLINE RESISTANCE MARKER
プラスミド: PCLL2216 / 遺伝子 (発現宿主): CCRA3 (WITHOUT SIGNAL SEQUENCE) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 LAMBDA DE3 / 参照: UniProt: P25910, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化pH: 7
詳細: 26-28%POLYETHYLENE GLYCOL 4000, 0.1M HEPES, PH 7.0, 0.3M NACL, 10UM CDCL2, AT ROOM TEMPERATURE
Temp details: room temp
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Concha, N.O., (1996) Structure (London), 4, 823.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15-8 mg/mlprotein1drop
255 mMHEPES1drop
30.01 mM1dropCdCl2
426-28 %PEG20001drop
526-28 %PEG20001reservoir
60.1 MHEPES1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1
検出器検出器: CCD / 日付: 1996年5月30日
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→29 Å / Num. obs: 26096 / % possible obs: 87.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Rsym value: 0.07
反射 シェル解像度: 2.15→2.33 Å / Rsym value: 0.198 / % possible all: 74.1
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.07

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
MADNESデータ削減
PROCORデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER
開始モデル: PDB ENTRY 1ZNB WITHOUT METALS OR SOLVENT

1znb


解像度: 2.15→8 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0 / σ(F): 2
詳細: RESIDUES PRO A 249, LYS B 248, AND PRO B 249 ARE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 -10 %
Rwork0.182 --
obs0.182 21210 87.4 %
原子変位パラメータBiso mean: 21.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3387 0 4 287 3678
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.25 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 229 8.5 %
Rwork0.26 2048 -
obs--70.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 21210 / Num. reflection obs: 20370
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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