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- PDB-2zkz: Crystal structure of the transcriptional repressor PagR of Bacill... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zkz
タイトルCrystal structure of the transcriptional repressor PagR of Bacillus anthracis
要素Transcriptional repressor pagR
キーワードTRANSCRIPTION / transcriptional repressor / protein-DNA / HTH motif / dimer / DNA-binding / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Bacterial regulatory protein, arsR family / ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...: / Bacterial regulatory protein, arsR family / ArsR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, Arsenical Resistance Operon Repressor / HTH ArsR-type DNA-binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional repressor PagR
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhao, H. / Volkov, A. / Veldore, V.H. / Varughese, K.I.
引用ジャーナル: Microbiology / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the transcriptional repressor PagR of Bacillus anthracis
著者: Zhao, H. / Volkov, A. / Veldore, V.H. / Hoch, J.A. / Varughese, K.I.
履歴
登録2008年4月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月30日Group: Database references
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional repressor pagR
B: Transcriptional repressor pagR
C: Transcriptional repressor pagR
D: Transcriptional repressor pagR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2374
ポリマ－47,2374
非ポリマー00
水1,42379
1
A: Transcriptional repressor pagR
B: Transcriptional repressor pagR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6192
ポリマ－23,6192
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area9710 Å2
手法PISA
2
C: Transcriptional repressor pagR

C: Transcriptional repressor pagR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6192
ポリマ－23,6192
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area1710 Å2
ΔGint-18.8 kcal/mol
Surface area10110 Å2
手法PISA
3
D: Transcriptional repressor pagR

D: Transcriptional repressor pagR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6192
ポリマ－23,6192
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area1940 Å2
ΔGint-22.2 kcal/mol
Surface area8990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.010, 73.010, 151.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
Transcriptional repressor pagR / Protective antigen repressor


分子量: 11809.277 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: pagR, tcrA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O31178
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.53 %
結晶化温度: 298 K / pH: 5.6
詳細: 0.2M Na Acetate, 1.6M NaH2PO4, 0.4M K2HPO4, pH5.6, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.97969, 1.00344, 1.037
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月24日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979691
21.003441
31.0371
反射解像度: 1.75→100 Å / Num. all: 42122 / Num. obs: 36646 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(F): 2.3 / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 45.7
反射 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 4125 / Rsym value: 0.435 / % possible all: 49

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→32.87 Å / FOM work R set: 0.822 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 1341 4.7 %RANDOM
Rwork0.246 ---
obs-27628 97.1 %-
溶媒の処理Bsol: 51.851 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 37.603 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.615 Å20 Å20 Å2
2--1.615 Å20 Å2
3----3.231 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→32.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2762 0 0 79 2841
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.084
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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