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- PDB-2zko: Structural basis for dsRNA recognition by NS1 protein of human in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zko
タイトルStructural basis for dsRNA recognition by NS1 protein of human influenza virus A
要素
  • Non-structural protein 1
  • RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*UP*AP*UP*GP*CP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*U)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / dsRNA / protein-RNA interaction / Host-virus interaction / Interferon antiviral system evasion / Nucleus / RNA-binding / Suppressor of RNA silencing / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Inhibition of IFN-beta / Inhibition of PKR / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / RIPK1-mediated regulated necrosis / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity ...Inhibition of IFN-beta / Inhibition of PKR / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / symbiont-mediated suppression of host mRNA processing / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / RIPK1-mediated regulated necrosis / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / Viral mRNA Translation / PKR-mediated signaling / ISG15 antiviral mechanism / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / host cell nucleus / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Influenza A virus NS1 protein / Influenza A virus NS1, effector domain-like superfamily / Influenza non-structural protein (NS1) / Influenza non-structural protein (NS1) / S15/NS1, RNA-binding / Helix Hairpins / S15/NS1, RNA-binding / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Non-structural protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Yuan, Y.A.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for dsRNA recognition by NS1 protein of influenza A virus
著者: Cheng, A. / Wong, S.M. / Yuan, Y.A.
履歴
登録2008年3月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22014年1月22日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*UP*AP*UP*GP*CP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*U)-3')
D: RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*UP*AP*UP*GP*CP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*U)-3')
A: Non-structural protein 1
B: Non-structural protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1056
ポリマ－29,9214
非ポリマー1842
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7370 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area13550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.707, 57.218, 83.709
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.95, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*UP*AP*UP*GP*CP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*U)-3')


分子量: 6651.948 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Non-structural protein 1 / NS1 / NS1A


分子量: 8308.460 Da / 分子数: 2 / Fragment: residue 1-70 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: strain A/Puerto Rico/8/1934 H1N1 / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/RIL / 参照: UniProt: P03496
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: Magnesium acetate, MES, Ammonium sulfate, ATP, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Magnesium acetate11
2MES11
3Ammonium sulfate11
4ATP11
5HOH11
6Magnesium acetate12
7MES12
8Ammonium sulfate12
9ATP12
10HOH12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 28868 / Num. obs: 28724 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 30.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.539 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AIL

1ail


解像度: 1.7→40.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 3.901 / SU ML: 0.068 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22965 1525 5 %RANDOM
Rwork0.1886 ---
obs0.19075 28723 99.32 %-
all-28868 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.048 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20.01 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→40.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1124 884 12 205 2225
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0212132
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.252.4853062
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.7165138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.07822.06958
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.86715218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9711518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2380
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021274
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1780.2975
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2830.21457
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1070.2170
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2590.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1840.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7341.5704
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1521112
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.47731830
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2694.51950
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.745 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 99 -
Rwork0.225 1976 -
obs--91.85 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.1892 Å / Origin y: 5.5864 Å / Origin z: 16.8853 Å
111213212223313233
T-0.0563 Å2-0.0247 Å20.0013 Å2--0.1045 Å20.0031 Å2---0.069 Å2
L2.0521 °2-0.1166 °20.1321 °2-0.5976 °20.0291 °2--1.2758 °2
S0.0494 Å °-0.226 Å °-0.0012 Å °0.059 Å °-0.0168 Å °-0.004 Å °-0.0035 Å °-0.0111 Å °-0.0327 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AC1 - 704 - 73
2X-RAY DIFFRACTION1BD1 - 704 - 73
3X-RAY DIFFRACTION1CA1 - 211 - 21
4X-RAY DIFFRACTION1DB1 - 211 - 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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