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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zi4 | ||||||
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タイトル | C4S dCK variant of dCK in complex with L-dA+ADP | ||||||
![]() | Deoxycytidine kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / dCK / purine / deoxyadenosine / deoxycytidine kinase / nucleoside / enantiomer / L-dA / ATP-binding / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphoprotein | ||||||
機能・相同性 | ![]() deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity ...deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process / Purine salvage / phosphorylation / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Sabini, E. / Lavie, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for substrate promiscuity of dCK 著者: Sabini, E. / Hazra, S. / Ort, S. / Konrad, M. / Lavie, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 114.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 86.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32572.510 Da / 分子数: 1 / 変異: C9S, C45S, C59S, C146S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-3L1 / ( |
#4: 化合物 | ChemComp-ADP / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.09 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.0M Sodium Citrate, 100mM Hepes, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年10月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→30 Å / Num. all: 30274 / Num. obs: 30274 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 13.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.87 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.346 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique all: 4686 / % possible all: 97.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: Rigid body refinement / 解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 11.895 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.701 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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