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- PDB-2zhg: Crystal structure of SoxR in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zhg
タイトルCrystal structure of SoxR in complex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*DGP*DCP*DCP*DTP*DCP*DAP*DAP*DGP*DTP*DTP*DAP*DAP*DCP*DTP*DTP*DGP*DAP*DGP*DGP*DC)-3')
  • Redox-sensitive transcriptional activator soxR
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / oxidative stress / MerR family / Activator / DNA-binding / Iron / Iron-sulfur / Metal-binding / Transcription / Transcription regulation / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


2 iron, 2 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Redox-sensitive transcriptional activator SoxR / Transcription regulator MerR, DNA binding / MerR, DNA binding / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / MerR family regulatory protein / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / MerR-type HTH domain signature. / : / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain profile. ...Redox-sensitive transcriptional activator SoxR / Transcription regulator MerR, DNA binding / MerR, DNA binding / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / MerR family regulatory protein / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / MerR-type HTH domain signature. / : / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain profile. / MerR-type HTH domain / Putative DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / DNA / DNA (> 10) / Redox-sensitive transcriptional activator SoxR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Watanabe, S. / Kita, A. / Kobayashi, K. / Miki, K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of the [2Fe-2S] oxidative-stress sensor SoxR bound to DNA
著者: Watanabe, S. / Kita, A. / Kobayashi, K. / Miki, K.
履歴
登録2008年2月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*DGP*DCP*DCP*DTP*DCP*DAP*DAP*DGP*DTP*DTP*DAP*DAP*DCP*DTP*DTP*DGP*DAP*DGP*DGP*DC)-3')
A: Redox-sensitive transcriptional activator soxR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7345
ポリマ－23,3122
非ポリマー4223
水39622
1
B: DNA (5'-D(*DGP*DCP*DCP*DTP*DCP*DAP*DAP*DGP*DTP*DTP*DAP*DAP*DCP*DTP*DTP*DGP*DAP*DGP*DGP*DC)-3')
A: Redox-sensitive transcriptional activator soxR
ヘテロ分子

B: DNA (5'-D(*DGP*DCP*DCP*DTP*DCP*DAP*DAP*DGP*DTP*DTP*DAP*DAP*DCP*DTP*DTP*DGP*DAP*DGP*DGP*DC)-3')
A: Redox-sensitive transcriptional activator soxR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,46810
ポリマ－46,6234
非ポリマー8446
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/61
Buried area9090 Å2
ΔGint-85.2 kcal/mol
Surface area17490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.374, 53.374, 355.159
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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DNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 BA

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DGP*DCP*DCP*DTP*DCP*DAP*DAP*DGP*DTP*DTP*DAP*DAP*DCP*DTP*DTP*DGP*DAP*DGP*DGP*DC)-3')


分子量: 6133.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Redox-sensitive transcriptional activator soxR


分子量: 17177.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: soxR / プラスミド: pET-3Xa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACS2

-
非ポリマー , 4種, 25分子

#3: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#4: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 8

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.73 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 50mM Bis-Tris pH 6.6-6.8, 0.3M K/Na tartrate, 15% (w/v) PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Bis-Tris11
2K/Na tartrate11
3PEG 1000011
4HOH11
5Bis-Tris12
6K/Na tartrate12
7PEG 1000012
8HOH12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 7602 / Num. obs: 7602 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 36.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.8→2.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.459 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 58.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→19.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 1347236.98 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 455 6.1 %RANDOM
Rwork0.243 ---
obs0.243 7518 91.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.5842 Å2 / ksol: 0.304542 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 84.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-21.81 Å223.1 Å20 Å2
2--21.81 Å20 Å2
3----43.63 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.6 Å0.49 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.83 Å0.78 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数914 407 18 22 1361
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.31
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it9.921.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it10.052
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.592
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it10.552.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.066 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.471 51 6.5 %
Rwork0.451 729 -
obs--59.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION4li4.paramli4.top
X-RAY DIFFRACTION5fes.par5fes.top2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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