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万見
- PDB-2zf8: Crystal structure of MotY -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zf8
タイトルCrystal structure of MotY
要素Component of sodium-driven polar flagellar motor
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / BETA BARREL / 2-Layer Sandwich / Flagellum
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #2540 / MotY N-terminal domain / MotY N-terminal domain / Outer membrane protein, OmpA-like, conserved site / OmpA-like domain. / OmpA-like domain / : / OmpA-like domain profile. / OmpA-like domain superfamily / OmpA family ...Immunoglobulin-like - #2540 / MotY N-terminal domain / MotY N-terminal domain / Outer membrane protein, OmpA-like, conserved site / OmpA-like domain. / OmpA-like domain / : / OmpA-like domain profile. / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Component of sodium-driven polar flagellar motor
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio alginolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Imada, K. / Kojima, S. / Namba, K. / Homma, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Insights into the stator assembly of the Vibrio flagellar motor from the crystal structure of MotY
著者: Kojima, S. / Shinohara, A. / Terashima, H. / Yakushi, T. / Sakuma, M. / Homma, M. / Namba, K. / Imada, K.
履歴
登録2007年12月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Component of sodium-driven polar flagellar motor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0361
ポリマ－32,0361
非ポリマー00
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.081, 104.081, 133.103
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Component of sodium-driven polar flagellar motor / MotY


分子量: 32036.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio alginolyticus (バクテリア)
遺伝子: MotY / プラスミド: PTTQ18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P74944
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
13.2562.7
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法, シッティングドロップ法4.51.12M sodium potassium phosphate, 5% PEG1000, 0.1M acetate, pH4.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
2932蒸気拡散法, シッティングドロップ法8.51.12M sodium potassium phosphate, 5% PEG1000, 0.1M acetate, pH8.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
2351
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL41XU11.17654
シンクロトロンSPring-8 BL41XU20.97913, 0.97940, 0.986, 0.964
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2005年10月9日
ADSC QUANTUM 3152CCD2006年3月15日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double-crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2double-crystal monochromatorMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.176541
20.979131
30.97941
40.9861
50.9641
反射解像度: 2.85→54 Å / Num. obs: 10468 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 72.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085
反射 シェル解像度: 2.85→3 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.359 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 1490 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.85→41 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 1803280.89 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.312 953 9.8 %RANDOM
Rwork0.29 ---
obs0.29 9699 92.5 %-
all-10652 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.0161 Å2 / ksol: 0.3062 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 73.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.83 Å221.36 Å20 Å2
2--15.83 Å20 Å2
3----31.67 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.48 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.79 Å0.73 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2000 0 0 12 2012
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.48
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.651.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.642
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.782.5
LS精密化 シェル解像度: 2.85→3.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.421 137 9.4 %
Rwork0.402 1323 -
obs-1460 85.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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