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- PDB-2zf4: Crystal Structure of VioE complexed with phenylpyruvic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zf4
タイトルCrystal Structure of VioE complexed with phenylpyruvic acid
要素Hypothetical protein VioE
キーワードANTIBIOTIC / putative isomerase / BETA protein / Protein-ligand analogue complex
機能・相同性
機能・相同性情報


outer membrane lipoprotein receptor (LolB), chain A - #30 / Violacein biosynthesis enzyme, VioE / VioE superfamily / VioE domain / Violacein biosynthetic enzyme VioE / outer membrane lipoprotein receptor (LolB), chain A / Clam / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-PHENYLPYRUVIC ACID / VioE domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chromobacterium violaceum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Hirano, S. / Shiro, Y. / Nagano, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of VioE, a key player in the construction of the molecular skeleton of violacein
著者: Hirano, S. / Asamizu, S. / Onaka, H. / Shiro, Y. / Nagano, S.
履歴
登録2007年12月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein VioE
B: Hypothetical protein VioE
C: Hypothetical protein VioE
D: Hypothetical protein VioE
E: Hypothetical protein VioE
F: Hypothetical protein VioE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,49618
ポリマ－132,5276
非ポリマー1,97012
水5,765320
1
A: Hypothetical protein VioE
B: Hypothetical protein VioE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8326
ポリマ－44,1762
非ポリマー6574
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3420 Å2
手法PISA
2
C: Hypothetical protein VioE
D: Hypothetical protein VioE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8326
ポリマ－44,1762
非ポリマー6574
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3420 Å2
手法PISA
3
E: Hypothetical protein VioE
F: Hypothetical protein VioE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8326
ポリマ－44,1762
非ポリマー6574
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.415, 91.030, 158.999
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Hypothetical protein VioE


分子量: 22087.750 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (バクテリア)
プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7NSZ5
#2: 化合物
ChemComp-PPY / 3-PHENYLPYRUVIC ACID / フェニルピルビン酸


分子量: 164.158 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 6% PEG 4000, 0.1M Citrate, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→30 Å / Num. obs: 63652 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 36.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.18→2.26 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.265 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZF3

2zf3


解像度: 2.18→29.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 14.734 / SU ML: 0.192 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.302 / ESU R Free: 0.227 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25432 3115 5 %RANDOM
Rwork0.20567 ---
obs0.20817 58569 96.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.795 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.83 Å20 Å20 Å2
2--0.29 Å20 Å2
3---0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→29.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8733 0 144 320 9197
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0229167
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.371.97212441
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.39551087
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.921.565460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.532151402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.39315128
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21233
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027368
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.23683
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.25818
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2517
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1750.2101
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1410.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5761.55603
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.97128711
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.41734219
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2284.53725
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.183→2.239 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 188 -
Rwork0.237 3485 -
obs--79.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1173-0.8885-0.19121.9309-0.85412.1650.37160.01780.4631-0.204-0.1152-0.2667-0.01350.0299-0.2564-0.3830.00370.1303-0.11180.00980.0645-17.34525.481-12.905
24.741-1.4001-0.3132.50090.16842.72670.1073-0.97830.21980.25610.2115-0.03160.25790.1252-0.3187-0.4232-0.0863-0.01440.1609-0.057-0.0265-21.17517.3717.26
32.97670.24030.50581.2689-0.51713.18380.11370.0867-0.251-0.1788-0.0257-0.08440.30650.1144-0.088-0.34250.00810.0379-0.06170.0075-0.1274-31.42762.527-12.437
43.67240.17020.57861.63070.26232.44530.1387-0.70110.16990.2214-0.0447-0.0148-0.0077-0.0688-0.0941-0.3534-0.10060.04440.21-0.0147-0.1613-35.39168.8478.48
52.75060.0472-0.42732.2220.45622.3451-0.0750.12490.1324-0.59320.2648-0.2586-0.36220.1088-0.18990.0722-0.03720.1852-0.03210.0504-0.11963.713.231-43.352
63.01121.19290.09842.46780.41582.0505-0.05890.02940.0771-0.240.0370.1853-0.1634-0.2990.022-0.14350.10780.0831-0.04480.1072-0.1756-13.28-4.079-31.384
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA5 - 1918 - 194
2X-RAY DIFFRACTION1AG - H192 - 1931
3X-RAY DIFFRACTION2BB6 - 1889 - 191
4X-RAY DIFFRACTION2BI - J192 - 1931
5X-RAY DIFFRACTION3CC5 - 1918 - 194
6X-RAY DIFFRACTION3CK - L192 - 1931
7X-RAY DIFFRACTION4DD7 - 18910 - 192
8X-RAY DIFFRACTION4DM - N192 - 1931
9X-RAY DIFFRACTION5EE5 - 1908 - 193
10X-RAY DIFFRACTION5EO - P192 - 1931
11X-RAY DIFFRACTION6FF5 - 1898 - 192
12X-RAY DIFFRACTION6FQ - R192 - 1931

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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