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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zf3 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of VioE | ||||||
![]() | Hypothetical protein VioE | ||||||
![]() | ANTIBIOTIC / putative isomerase / BETA protein | ||||||
機能・相同性 | outer membrane lipoprotein receptor (LolB), chain A - #30 / Violacein biosynthesis enzyme, VioE / VioE superfamily / VioE domain / Violacein biosynthetic enzyme VioE / outer membrane lipoprotein receptor (LolB), chain A / Clam / Mainly Beta / VioE domain-containing protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hirano, S. / Shiro, Y. / Nagano, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of VioE, a key player in the construction of the molecular skeleton of violacein 著者: Hirano, S. / Asamizu, S. / Onaka, H. / Shiro, Y. / Nagano, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 231.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 188.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 472.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 493.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 44.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 63.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22087.750 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.02 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: 6% PEG 4000, 0.1M Citrate, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 77895 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 11.9 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.358 / Mean I/σ(I) obs: 4.67 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.152 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→39.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.002→2.054 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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