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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2zf3 | ||||||
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Title | Crystal Structure of VioE | ||||||
![]() | Hypothetical protein VioE | ||||||
![]() | ANTIBIOTIC / putative isomerase / BETA protein | ||||||
Function / homology | outer membrane lipoprotein receptor (LolB), chain A - #30 / Violacein biosynthesis enzyme, VioE / VioE superfamily / VioE domain / Violacein biosynthetic enzyme VioE / outer membrane lipoprotein receptor (LolB), chain A / Clam / Mainly Beta / VioE domain-containing protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hirano, S. / Shiro, Y. / Nagano, S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of VioE, a key player in the construction of the molecular skeleton of violacein Authors: Hirano, S. / Asamizu, S. / Onaka, H. / Shiro, Y. / Nagano, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 231.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 188.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 472.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 493.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 44.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 63.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 22087.750 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 43.02 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 3.5 Details: 6% PEG 4000, 0.1M Citrate, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 5, 2007 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 77895 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 11.9 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.07 Å / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.358 / Mean I/σ(I) obs: 4.67 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.152 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→39.25 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.002→2.054 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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