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万見
- PDB-2ze1: X-ray structure of Bace-1 in complex with compound 6g -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ze1
タイトルX-ray structure of Bace-1 in complex with compound 6g
要素Beta-secretase 1
キーワードHYDROLASE / BACE / Aspartyl Protease / Acylguanidine Inhibitor / Alternative splicing / Glycoprotein / Membrane / Transmembrane / Zymogen
機能・相同性
機能・相同性情報


memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion ...memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / amyloid-beta metabolic process / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition / protein serine/threonine kinase binding / cellular response to copper ion / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / multivesicular body / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / response to lead ion / trans-Golgi network / recycling endosome / protein processing / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to amyloid-beta / late endosome / synaptic vesicle / peptidase activity / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / lysosome / aspartic-type endopeptidase activity / early endosome / endosome membrane / endosome / membrane raft / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / dendrite / Golgi apparatus / enzyme binding / cell surface / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-411 / Beta-secretase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Chopra, R. / Olland, A.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2008
タイトル: Acylguanidine inhibitors of beta-secretase: optimization of the pyrrole ring substituents extending into the S1 and S3 substrate binding pockets.
著者: Cole, D.C. / Stock, J.R. / Chopra, R. / Cowling, R. / Ellingboe, J.W. / Fan, K.Y. / Harrison, B.L. / Hu, Y. / Jacobsen, S. / Jennings, L.D. / Jin, G. / Lohse, P.A. / Malamas, M.S. / Manas, E. ...著者: Cole, D.C. / Stock, J.R. / Chopra, R. / Cowling, R. / Ellingboe, J.W. / Fan, K.Y. / Harrison, B.L. / Hu, Y. / Jacobsen, S. / Jennings, L.D. / Jin, G. / Lohse, P.A. / Malamas, M.S. / Manas, E.S. / Moore, W.J. / O'Donnell, M.M. / Olland, A.M. / Robichaud, A.J. / Svenson, K. / Wu, J. / Wagner, E. / Bard, J.
履歴
登録2007年12月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9572
ポリマ－46,4411
非ポリマー5161
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.026, 104.321, 50.465
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.57, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-539-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-secretase 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Membrane- ...Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Membrane-associated aspartic protease 2 / Memapsin-2 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / ASP2


分子量: 46440.980 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 46-454 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物 ChemComp-411 / 3-bromo-N-[4-[1-(2-carbamimidamido-2-oxo-ethyl)-5-phenyl-pyrrol-2-yl]phenyl]benzamide


分子量: 516.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H22BrN5O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→59.76 Å / Num. obs: 15940 / % possible obs: 0.94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 19.455 / SU ML: 0.222 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.495 / ESU R Free: 0.292 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28981 863 5.1 %RANDOM
Rwork0.24833 ---
obs0.25047 11136 87.78 %-
all-11879 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.909 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9 Å20 Å2-0.56 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3---1.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2846 0 34 86 2966
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222959
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2881.9574020
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8185355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.35123.507134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.3815462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4641517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2431
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022280
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.21294
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.21932
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2144
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2250.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1110.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5141.51830
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.91822880
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.91431318
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4484.51140
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.43 64 -
Rwork0.311 1051 -
obs--80.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.77420.66720.18651.17050.080.05590.05520.04680.03310.0972-0.04050.05320.0099-0.0227-0.0147-0.02470.00860.0102-0.0285-0.0025-0.033516.1407-0.594610.0198
20.11840.10060.12160.08550.10330.1248-0.0278-0.00930.02420.06880.013-0.05490.0105-0.04860.0148-0.0124-0.00480.02970.03280.03660.024217.0516-4.50179.828
322.0486-6.3574-8.819723.5351-9.268321.338-0.5339-0.9705-1.0294-0.50610.63630.53490.8844-0.6644-0.10240.1115-0.1148-0.03090.101-0.10510.058112.9848-7.153816.2705
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA61 - 44615 - 400
2X-RAY DIFFRACTION2AC462 - 5471 - 86
3X-RAY DIFFRACTION3AB11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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