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万見
- PDB-2zd2: D202K mutant of P. denitrificans Atp12p -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zd2
タイトルD202K mutant of P. denitrificans Atp12p
要素ATP12 ATPase
キーワードCHAPERONE / ATPase chaperone F1 assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


proton-transporting ATP synthase complex assembly
類似検索 - 分子機能
ATP12-like fold / ATP12 ATPase / ATP12-like / ATP12-like / ATP12, ATP synthase F1-assembly protein / ATP12 orthogonal Bundle domain superfamily / ATP12, ATP synthase F1-assembly protein, N-terminal / ATP12 chaperone protein / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle ...ATP12-like fold / ATP12 ATPase / ATP12-like / ATP12-like / ATP12, ATP synthase F1-assembly protein / ATP12 orthogonal Bundle domain superfamily / ATP12, ATP synthase F1-assembly protein, N-terminal / ATP12 chaperone protein / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Paracoccus denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Gatti, D.L. / Ludlam, A. / Brunzelle, J. / Ackerman, S.H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Chaperones of F1-ATPase
著者: Ludlam, A. / Brunzelle, J. / Pribyl, T. / Xu, X. / Gatti, D.L. / Ackerman, S.H.
履歴
登録2007年11月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP12 ATPase
B: ATP12 ATPase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5972
ポリマ－51,5972
非ポリマー00
水9,620534
1
A: ATP12 ATPase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7981
ポリマ－25,7981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ATP12 ATPase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7981
ポリマ－25,7981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.160, 51.047, 67.117
Angle α, β, γ (deg.)102.91, 105.45, 90.07
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 ATP12 ATPase


分子量: 25798.365 Da / 分子数: 2 / 変異: D1202K, D2202K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
株: PD1222 / 遺伝子: PDEN_0792 / プラスミド: PET28A-atp12D202K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: A1B060
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 534 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.22 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 12% PEG 4000, 100mM Hepes-Na, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月20日
放射モノクロメーター: refractive beryllium lenses / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 48230 / Num. obs: 48230 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.555 / Mean I/σ(I) obs: 2.269 / Num. unique all: 2304 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
AccelDB2データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2P4X

2p4x


解像度: 1.8→35.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 113038.34 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 4716 10.1 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.225 46717 93.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 63.948 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.87 Å2-0.59 Å2-0.27 Å2
2---2.62 Å20.75 Å2
3---3.49 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3642 0 0 534 4176
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.01
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.531.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.32
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.782
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.062.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 701 10.2 %
Rwork0.29 6151 -
obs--82.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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