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- PDB-2zcf: Mutational study on Alpha-Gln90 of Fe-type nitrile hydratase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zcf
タイトルMutational study on Alpha-Gln90 of Fe-type nitrile hydratase from Rhodococcus sp. N771
要素
  • Nitrile hydratase subunit alpha
  • Nitrile hydratase subunit beta
キーワードLYASE / CYSTEINE-SULFINIC ACID / CYSTEINE-SULFENIC ACID / PHOTO-REACTIVE / NITRILE / HYDRATION / PHOTO-ACTIVATION / Iron / Metal-binding / Oxidation / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrile hydratase / nitrile hydratase activity / transition metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrile Hydratase; Chain A / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile hydratase, alpha subunit / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile hydratase beta subunit domain / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / : / Nitrile hydratase beta subunit, C-terminal / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal ...Nitrile Hydratase; Chain A / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile hydratase, alpha subunit / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile hydratase beta subunit domain / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / : / Nitrile hydratase beta subunit, C-terminal / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / Nitrile hydratase alpha subunit /Thiocyanate hydrolase gamma subunit / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase, alpha chain / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma superfamily / SH3 type barrels. - #50 / Electron transport accessory-like domain superfamily / Cyclin A; domain 1 / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Nitrile hydratase subunit alpha / Nitrile hydratase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus erythropolis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Takarada, H. / Kawano, Y. / Hashimoto, K. / Nakayama, H. / Ueda, S. / Yohda, M. / Kamiya, N. / Dohmae, N. / Maeda, M. / Odaka, M. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Biosci.Biotechnol.Biochem. / 年: 2006
タイトル: Mutational study on alphaGln90 of Fe-type nitrile hydratase from Rhodococcus sp. N771
著者: Takarada, H. / Kawano, Y. / Hashimoto, K. / Nakayama, H. / Ueda, S. / Yohda, M. / Kamiya, N. / Dohmae, N. / Maeda, M. / Odaka, M.
履歴
登録2007年11月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrile hydratase subunit alpha
B: Nitrile hydratase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5144
ポリマ－46,4342
非ポリマー802
水11,800655
1
A: Nitrile hydratase subunit alpha
B: Nitrile hydratase subunit beta
ヘテロ分子

A: Nitrile hydratase subunit alpha
B: Nitrile hydratase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,0298
ポリマ－92,8684
非ポリマー1604
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,y,-z1
Buried area18650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.838, 60.554, 82.187
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-479-

HOH

21A-493-

HOH

31A-509-

HOH

41B-708-

HOH

詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -x+2,y,-z

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要素

#1: タンパク質 Nitrile hydratase subunit alpha / Nitrilase / NHase


分子量: 22919.848 Da / 分子数: 1 / 変異: Q90N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus erythropolis (バクテリア)
遺伝子: nthA / プラスミド: pRCN103, pHSG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13448, nitrile hydratase
#2: タンパク質 Nitrile hydratase subunit beta / Nitrilase / NHase


分子量: 23514.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus erythropolis (バクテリア)
遺伝子: nthB / プラスミド: pRCN103, pHSG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13449, nitrile hydratase
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 655 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG8000, MAGNESIUM CHLORIDE, 50mM Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月19日 / 詳細: Pt
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→50 Å / Num. all: 85342 / Num. obs: 85342 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.43→1.48 Å / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 4.48 / % possible all: 77.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AHJ

2ahj


解像度: 1.43→8 Å / Num. parameters: 15501 / Num. restraintsaints: 13344 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2111 8288 11.2 %RANDOM
Rwork0.1694 ---
all0.1697 74058 --
obs0.1694 74058 87.4 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 3865.25
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.43→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3211 0 2 655 3868
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0257
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.06
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.061
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.055
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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