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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zc1 | ||||||
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タイトル | Organophosphorus Hydrolase from Deinococcus radiodurans | ||||||
![]() | Phosphotriesterase | ||||||
![]() | HYDROLASE / alpha beta barrel / bi-nuclear metal active-site / carboxylated lysine | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Larsen, S.D. / Hawwa, R. / Ratia, K. / Santarsiero, B.D. / Mesecar, A.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-Ray Structural Insights into a Phosphotriesterase 著者: Larsen, S.D. / Hawwa, R. / Ratia, K. / Santarsiero, B.D. / Mesecar, A.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 83.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 65.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35789.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: R1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-BR / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.35 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / pH: 4.6 詳細: 20mM Calcium Chloride, 100mM Sodium Acetate, 31% 2-methyl-2,4-pentanediol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC Q4 CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月27日 / 詳細: MIRRORS | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 270178 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 23.6 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.525 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 92.3 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing set |
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Phasing MAD set |
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Phasing MAD set site |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | Bsol: 74.79 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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