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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zbo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of low-redox-potential cytochrom c6 from brown alga Hizikia fusiformis at 1.6 A resolution | ||||||
要素 | Cytochrome c6 | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / cytochrome c6 / redox potential / brown alga / Heme / Iron / Metal-binding / Transit peptide | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chloroplast thylakoid lumen / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Hizikia fusiformis (ヒジキ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Akazaki, H. / Kawai, F. / Chida, H. / Matsumoto, Y. / Sirasaki, I. / Nakade, H. / Hirayama, M. / Hosikawa, K. / Suruga, K. / Satoh, T. ...Akazaki, H. / Kawai, F. / Chida, H. / Matsumoto, Y. / Sirasaki, I. / Nakade, H. / Hirayama, M. / Hosikawa, K. / Suruga, K. / Satoh, T. / Yamada, S. / Unzai, S. / Hakamata, W. / Nishio, T. / Park, S.-Y. / Oku, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.F / 年: 2008 タイトル: Cloning, expression and purification of cytochrome c(6) from the brown alga Hizikia fusiformis and complete X-ray diffraction analysis of the structure 著者: Akazaki, H. / Kawai, F. / Chida, H. / Matsumoto, Y. / Hirayama, M. / Hoshikawa, K. / Unzai, S. / Hakamata, W. / Nishio, T. / Park, S.-Y. / Oku, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2zbo.cif.gz | 126.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2zbo.ent.gz | 100.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2zbo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2zbo_validation.pdf.gz | 2.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2zbo_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2zbo_validation.xml.gz | 30.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2zbo_validation.cif.gz | 40.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/2zbo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/2zbo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1gdvS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9155.002 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hizikia fusiformis (ヒジキ) / 株: brown alga / 遺伝子: petJ / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q76FN8 #2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.56 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.5 詳細: 0.1M CAPS pH 10.5, 0.2M Li2SO4, 2.2M AmSO4, 3% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 107513 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1GDV 解像度: 1.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 1.315 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.315 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
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