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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zbl | ||||||
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タイトル | Functional annotation of Salmonella enterica yihS-encoded protein | ||||||
![]() | Putative isomerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / N-acyl-D-glucosamine 2-epimerase protein family | ||||||
機能・相同性 | ![]() sulfoquinovose isomerase / N-acylglucosamine 2-epimerase activity / sulfoquinovose isomerase activity / 6-sulfoquinovose(1-) catabolic process to glycerone phosphate and 3-sulfolactaldehyde / N-acetylmannosamine metabolic process / N-acetylglucosamine metabolic process / peptidase inhibitor activity / carbohydrate metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Itoh, T. / Mikami, B. / Hashimoto, W. / Murata, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of YihS in complex with D-mannose: structural annotation of Escherichia coli and Salmonella enterica yihS-encoded proteins to an aldose-ketose isomerase 著者: Itoh, T. / Mikami, B. / Hashimoto, W. / Murata, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 564.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 460.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 487.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 511.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 114 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 174.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48589.516 Da / 分子数: 6 / 変異: H248A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: yihS / プラスミド: pET21b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 糖 | ChemComp-BMA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.2 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 15% PEG10000, 0.1M Tris-HCl, pH8.0, 0.2M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 297314 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 12.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 27327 / % possible all: 86.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2AFA 解像度: 1.6→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.518 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.087 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
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