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- PDB-2zbh: Crystal structure of the complex of phospholipase A2 with Bavacha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zbh
タイトルCrystal structure of the complex of phospholipase A2 with Bavachalcone from Aerva lanata at 2.6 A resolution
要素Phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa
キーワードHYDROLASE / complex / Daucosterol / Aerva lanata / phospholipse A2 / Calcium / Lipid degradation / Metal-binding / Neurotoxin / Presynaptic neurotoxin / Secreted / Toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A2 / calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BVL / Basic phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa
類似検索 - 構成要素
生物種Daboia russellii pulchella (ヘビ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kumar, S. / Damodar, N.C. / Jain, R. / Singh, N. / Sharma, S. / Kaur, P. / Haridas, M. / Srinivasan, A. / Singh, T.P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the complex of phospholipase A2 with Bavachalcone from Aerva lanata at 2.6 A resolution
著者: Kumar, S. / Damodar, N.C. / Jain, R. / Singh, N. / Sharma, S. / Kaur, P. / Haridas, M. / Srinivasan, A. / Singh, T.P.
履歴
登録2007年10月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9682
ポリマ－13,6301
非ポリマー3381
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.926, 52.926, 48.477
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa / Phospholipase A2 / Phosphatidylcholine 2- acylhydrolase / DPLA2


分子量: 13629.767 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Daboia russellii pulchella (ヘビ) / 生物種: Daboia russellii / 株: pulchella / 参照: UniProt: P59071, phospholipase A2
#2: 化合物 ChemComp-BVL / (2E)-1-[2-hydroxy-4-methoxy-5-(3-methylbut-2-en-1-yl)phenyl]-3-(4-hydroxyphenyl)prop-2-en-1-one / (E)-1-[2-hydroxy-4-methoxy-5-(3-methylbut-2-enyl)phenyl]-3-(4-hydroxyphenyl)prop-2-en-1-one / 1-(2-ヒドロキシ-4-メトキシ-5-プレニルフェニル)-3-(4-ヒドロキシフェニル)-2-プロペン-1-オン


分子量: 338.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H22O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 50mm Ammonium acetate, 0.2M ammonium sulphate, 30%PEG 4000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年8月18日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→17.87 Å / Num. obs: 4094 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 50.4 Å2 / Rsym value: 0.126 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 19057 / Rsym value: 0.482

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MAR345dtbデータ収集
AUTOMARデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QVD

2qvd


解像度: 2.6→17.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Data cutoff high absF: 55110.44 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 216 5.3 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.197 4094 97.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.4875 Å2 / ksol: 0.309582 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.24 Å20 Å20 Å2
2--2.24 Å20 Å2
3----4.48 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→17.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数944 0 25 44 1013
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.61
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.211.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.632
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.052
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.522.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.054 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 33 4.9 %
Rwork0.298 634 -
obs-19057 94.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramdct.top
X-RAY DIFFRACTION4dct.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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