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- PDB-2zbc: Crystal structure of STS042, a stand-alone RAM module protein, fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zbc
タイトルCrystal structure of STS042, a stand-alone RAM module protein, from hyperthermophilic archaeon Sulfolobus tokodaii strain7.
要素83aa long hypothetical transcriptional regulator asnC
キーワードTRANSCRIPTION / SARD
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Lrp/AsnC effector binding domain/regulation of amino acid metabolism (RAM) domain / Transcription regulator AsnC/Lrp, ligand binding domain / Lrp/AsnC ligand binding domain / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOLEUCINE / Transcription regulator AsnC/Lrp ligand binding domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus tokodaii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Miyazono, K. / Tsujimura, M. / Kawarabayasi, Y. / Tanokura, M.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of STS042, a stand-alone RAM module protein, from hyperthermophilic archaeon Sulfolobus tokodaii strain7
著者: Miyazono, K. / Tsujimura, M. / Kawarabayasi, Y. / Tanokura, M.
履歴
登録2007年10月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 83aa long hypothetical transcriptional regulator asnC
B: 83aa long hypothetical transcriptional regulator asnC
C: 83aa long hypothetical transcriptional regulator asnC
D: 83aa long hypothetical transcriptional regulator asnC
E: 83aa long hypothetical transcriptional regulator asnC
F: 83aa long hypothetical transcriptional regulator asnC
G: 83aa long hypothetical transcriptional regulator asnC
H: 83aa long hypothetical transcriptional regulator asnC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,49316
ポリマ－75,4438
非ポリマー1,0498
水7,314406
1
A: 83aa long hypothetical transcriptional regulator asnC
B: 83aa long hypothetical transcriptional regulator asnC
C: 83aa long hypothetical transcriptional regulator asnC
D: 83aa long hypothetical transcriptional regulator asnC
ヘテロ分子

A: 83aa long hypothetical transcriptional regulator asnC
B: 83aa long hypothetical transcriptional regulator asnC
C: 83aa long hypothetical transcriptional regulator asnC
D: 83aa long hypothetical transcriptional regulator asnC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,49316
ポリマ－75,4438
非ポリマー1,0498
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area20750 Å2
ΔGint-109.1 kcal/mol
Surface area22160 Å2
手法PISA
2
E: 83aa long hypothetical transcriptional regulator asnC
F: 83aa long hypothetical transcriptional regulator asnC
G: 83aa long hypothetical transcriptional regulator asnC
H: 83aa long hypothetical transcriptional regulator asnC
ヘテロ分子

E: 83aa long hypothetical transcriptional regulator asnC
F: 83aa long hypothetical transcriptional regulator asnC
G: 83aa long hypothetical transcriptional regulator asnC
H: 83aa long hypothetical transcriptional regulator asnC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,49316
ポリマ－75,4438
非ポリマー1,0498
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area20860 Å2
ΔGint-111.1 kcal/mol
Surface area22070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.367, 61.785, 90.487
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.470, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-86-

HOH

21B-90-

HOH

31G-85-

HOH

41H-88-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
83aa long hypothetical transcriptional regulator asnC / stand-alone RAM module protein


分子量: 9430.398 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii (古細菌) / 株: 7 / プラスミド: pET21(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q975W5
#2: 化合物
ChemComp-ILE / ISOLEUCINE / イソロイシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.74 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.9792, 0.9793, 0.9641
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.97931
30.96411
Reflection冗長度: 3.7 % / Av σ(I) over netI: 13.5 / 数: 167795 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Χ2: 5.57 / D res high: 1.9 Å / D res low: 25 Å / Num. obs: 45907 / % possible obs: 98.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.092599.510.07616.5823.7
3.254.0999.910.0879.0083.7
2.843.2510010.1087.3593.8
2.582.8410010.1325.7443.8
2.392.5810010.1484.1713.8
2.252.3910010.1613.5033.8
2.142.2510010.1842.5533.8
2.052.1499.910.1972.123.7
1.972.0598.410.2271.6263.5
1.91.9789.910.261.132.9
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 52841 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Χ2: 2.76 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.9730.24451631.516196.6
1.97-2.053.10.20752591.696198.7
2.05-2.143.30.1952491.888198.9
2.14-2.253.40.1852771.952198.9
2.25-2.393.40.15852772.336198.7
2.39-2.583.40.14653112.551199
2.58-2.843.40.12952943.038199.5
2.84-3.253.40.11153183.81198.9
3.25-4.083.20.08253134.152198.6
4.08-203.40.06953804.331198.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.1.24精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 3.099 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 2694 5.1 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.172 52841 97.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.425 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.48 Å20 Å2-2.26 Å2
2---0.69 Å20 Å2
3---0.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5016 0 72 406 5494
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0225120
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0811.9846888
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.946311656
X-RAY DIFFRACTIONTORSION ANGLES, PERIOD I (DEGREES)6.9265640
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2888
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025408
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02888
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.2811
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2510.25668
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.23322
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2302
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1930.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3010.2195
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2430.239
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1821.53248
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.95625320
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.38131872
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1724.51568
LS精密化 シェル解像度: 1.894→1.943 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.247 176
Rwork0.185 3356
all-3532

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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