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万見
- PDB-2z9q: Transfer RNA in the hybrid P/E state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z9q
タイトルTransfer RNA in the hybrid P/E state
要素tRNA
キーワードRNA / distorted anticodon-stem-loop / twisted CCA arm
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Thermus aquaticus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.7 Å
データ登録者Frank, J. / Li, W.
引用
ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2007
タイトル: Transfer RNA in the hybrid P/E state: correlating molecular dynamics simulations with cryo-EM data.
著者: Wen Li / Joachim Frank /
要旨: Transfer RNA (tRNA) transiently occupies the hybrid P/E state (P/E-tRNA) when mRNA-tRNA are translocated in the ribosome. In this study, we characterize the structure of P/E-tRNA and its interactions ...Transfer RNA (tRNA) transiently occupies the hybrid P/E state (P/E-tRNA) when mRNA-tRNA are translocated in the ribosome. In this study, we characterize the structure of P/E-tRNA and its interactions with the ribosome by correlating the results from molecular dynamics simulations on free tRNA with the cryo-EM map of P/E-tRNA. In our approach, we show that the cryo-EM map may be interpreted as a conformational average. Along the molecular dynamics trajectories (44 ns, 18 ns, and 18 ns), some of the snapshots prove to be quite close to the observed density. In a representative structure, the CCA (3') arm is uniquely twisted, and the anticodon stem loop is kinked at the junctions to both the anticodon loop and the D stem. In addition, the map shows that the P/E-tRNA is no longer bound to helix H69 of 23S rRNA and is flexible, and the conformations of helices H68 and h44 of 16S rRNA differ from those in the x-ray structure. Thus, our study presents structural and dynamic information on the P/E-tRNA and characterizes its interactions with the translocating ribosome.
#1: ジャーナル: Cell / 年: 2003
タイトル: Locking and unlocking of ribosomal motions.
著者: Mikel Valle / Andrey Zavialov / Jayati Sengupta / Urmila Rawat / Måns Ehrenberg / Joachim Frank /
要旨: During the ribosomal translocation, the binding of elongation factor G (EF-G) to the pretranslocational ribosome leads to a ratchet-like rotation of the 30S subunit relative to the 50S subunit in the ...During the ribosomal translocation, the binding of elongation factor G (EF-G) to the pretranslocational ribosome leads to a ratchet-like rotation of the 30S subunit relative to the 50S subunit in the direction of the mRNA movement. By means of cryo-electron microscopy we observe that this rotation is accompanied by a 20 A movement of the L1 stalk of the 50S subunit, implying that this region is involved in the translocation of deacylated tRNAs from the P to the E site. These ribosomal motions can occur only when the P-site tRNA is deacylated. Prior to peptidyl-transfer to the A-site tRNA or peptide removal, the presence of the charged P-site tRNA locks the ribosome and prohibits both of these motions.
履歴
登録2007年9月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22019年12月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: database_2 / em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1363
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5451
ポリマ－24,5451
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: RNA鎖 tRNA / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 24544.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus aquaticus (バクテリア)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: EF-G bound Release Complex in the presence of Puromycin and GDPNP
タイプ: RIBOSOME
緩衝液名称: polymix / pH: 7.5 / 詳細: polymix
試料濃度: 32 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: carbon on quantifoil grids
急速凍結凍結剤: ETHANE / 詳細: PLUNGED INTO ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2001年6月1日 / 詳細: SAMPLES WERE MAINTAINED AT LIQUID NITROGEN
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000 X / 倍率（補正後）: 49696 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.925 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.75 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 80 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 15 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
画像スキャンデジタル画像の数: 38858
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア名称: SPIDER / カテゴリ: ３次元再構成
詳細: Fast Motif Search Procedure in SPIDER. Reference: Rath and Frank 2004 JSB 145 page84
CTF補正詳細: CTF correction of each defocus group reconstruction
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: single particle reconstruction / 解像度: 11.7 Å / ピクセルサイズ（公称値）: 2.8 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 2.82 Å / 倍率補正: TMV / 詳細: THE STRUCTURE CONTAINS P ATOMS ONLY / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: cross correlation coefficient / 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--auto
原子モデル構築PDB-ID: 1TTT

1ttt


Accession code: 1TTT / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 75 0 0 75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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