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- PDB-2z8u: Methanococcus jannaschii TBP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z8u
タイトルMethanococcus jannaschii TBP
要素TATA-box-binding protein
キーワードTRANSCRIPTION / DNA-binding protein / transcription factor / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription factor binding / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription initiation / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
TATA-box binding protein, archaea / TATA-Binding Protein / TATA-Binding Protein / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / TBP domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TATA-box-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Adachi, N. / Senda, T. / Horikoshi, M.
引用ジャーナル: Genes Cells / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of Methanococcus jannaschii TATA box-binding protein.
著者: Adachi, N. / Senda, M. / Natsume, R. / Senda, T. / Horikoshi, M.
履歴
登録2007年9月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年10月17日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / citation_author / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_first ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TATA-box-binding protein
B: TATA-box-binding protein
P: TATA-box-binding protein
Q: TATA-box-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,7574
ポリマ－83,7574
非ポリマー00
水4,990277
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: TATA-box-binding protein
B: TATA-box-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8792
ポリマ－41,8792
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area16910 Å2
手法PISA
3
P: TATA-box-binding protein
Q: TATA-box-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8792
ポリマ－41,8792
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area17360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.242, 55.532, 123.434
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.05, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
TATA-box-binding protein / TATA-box factor / TATA sequence-binding protein / TBP / Box A-binding protein / BAP


分子量: 20939.291 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 1-180 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: tbp / プラスミド: PLJ-MJ-TBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-codonplus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q57930
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG MME 2000, sodium acetate, ammonium sulfate, pH 4.60, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月10日
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→62 Å / Num. all: 57094 / Num. obs: 57094 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1MP9

1mp9


解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 7.933 / SU ML: 0.132 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25911 2892 5.1 %RANDOM
Rwork0.22557 ---
obs0.22734 54183 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.653 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.54 Å20 Å2-0.13 Å2
2--1.64 Å20 Å2
3----1.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5323 0 0 277 5600
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0225377
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.292.0127258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3715687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.59227.212208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.133151077
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.1351516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2891
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023805
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.22456
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.23697
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2312
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2280.277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1350.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7291.53559
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.15325616
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.82631997
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9484.51642
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 197 -
Rwork0.274 3944 -
obs-3944 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.7105-2.1943-5.30546.06021.766.43380.1819-0.04850.4169-1.0180.1416-1.6887-0.21680.6042-0.32340.0245-0.02950.24630.03830.06090.348932.26126.20722.662
21.9202-0.0561-0.12953.12441.17935.1310.1337-0.15230.12860.06850.05490.19240.0224-0.64-0.1885-0.19510.0049-0.0257-0.06580.0466-0.106510.54925.66446.1
35.4254-0.3876-1.76190.42870.37863.8642-0.06450.00790.15060.0005-0.01120.1537-0.2791-0.06540.0756-0.2019-0.0039-0.0108-0.2307-0.0155-0.1416.11823.05569.186
41.45750.07470.49022.8813-1.4217.49750.27070.0387-0.1766-0.1834-0.0603-0.080.3120.6513-0.2104-0.1458-0.0447-0.0305-0.091-0.0235-0.146928.51127.95246.91
57.33590.4124.54382.26540.60245.9982-0.2967-0.12180.0187-0.08370.12780.1235-0.12370.16070.1689-0.12140.00070.0316-0.0211-0.0125-0.2067-6.7461.522-8.691
64.6406-0.7129-0.35062.9947-2.33087.24040.25330.02330.07920.0551-0.2888-0.0389-0.03260.97140.0355-0.14760.0151-0.00670.1131-0.0277-0.150413.661.52515.823
75.86220.83941.54172.2303-0.76234.5594-0.22090.1156-0.29960.00540.0974-0.25860.20820.04460.1235-0.1312-0.0421-0.0041-0.20690.0233-0.15416.345-0.61239.935
83.16250.50371.02532.98710.461910.46110.30490.10340.16390.077-0.2050.06160.1132-1.0377-0.0999-0.1809-0.02310.02830.07440.0017-0.1773-3.783-0.63214.895
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA3 - 9711 - 105
2X-RAY DIFFRACTION2AA112 - 178120 - 186
3X-RAY DIFFRACTION3BB3 - 9711 - 105
4X-RAY DIFFRACTION4BB112 - 177120 - 185
5X-RAY DIFFRACTION5PC4 - 9712 - 105
6X-RAY DIFFRACTION6PC112 - 175120 - 183
7X-RAY DIFFRACTION7QD3 - 9711 - 105
8X-RAY DIFFRACTION8QD112 - 177120 - 185

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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