[日本語] English
万見
- PDB-2z80: Crystal structure of the TLR1-TLR2 heterodimer induced by binding... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z80
タイトルCrystal structure of the TLR1-TLR2 heterodimer induced by binding of a tri-acylated lipopeptide
要素Toll-like receptor 2, Variable lymphocyte receptor B
キーワードIMMUNE SYSTEM / TLR2 / lipopeptide / innate immunity / Glycoprotein / Immune response / Inflammatory response / Leucine-rich repeat / Membrane / Receptor / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


Toll Like Receptor TLR6:TLR2 Cascade / triacyl lipopeptide binding / Toll-like receptor 2-Toll-like receptor 6 protein complex / detection of diacyl bacterial lipopeptide / cellular response to diacyl bacterial lipopeptide / Toll-like receptor 1-Toll-like receptor 2 protein complex / detection of triacyl bacterial lipopeptide / cellular response to triacyl bacterial lipopeptide / cellular response to bacterial lipopeptide / negative regulation of synapse assembly ...Toll Like Receptor TLR6:TLR2 Cascade / triacyl lipopeptide binding / Toll-like receptor 2-Toll-like receptor 6 protein complex / detection of diacyl bacterial lipopeptide / cellular response to diacyl bacterial lipopeptide / Toll-like receptor 1-Toll-like receptor 2 protein complex / detection of triacyl bacterial lipopeptide / cellular response to triacyl bacterial lipopeptide / cellular response to bacterial lipopeptide / negative regulation of synapse assembly / positive regulation of cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / Toll Like Receptor TLR1:TLR2 Cascade / Beta defensins / toll-like receptor 2 signaling pathway / lipopolysaccharide immune receptor activity / positive regulation of matrix metallopeptidase secretion / I-kappaB phosphorylation / central nervous system myelin formation / leukotriene metabolic process / positive regulation of interleukin-18 production / Toll-like receptor binding / toll-like receptor TLR6:TLR2 signaling pathway / response to fatty acid / Regulation of TLR by endogenous ligand / peptidoglycan binding / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / microglia development / MyD88 deficiency (TLR2/4) / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / negative regulation of phagocytosis / toll-like receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / RSV-host interactions / cellular response to lipoteichoic acid / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of chemokine production / nitric oxide metabolic process / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interferon-beta production / secretory granule membrane / response to progesterone / learning / positive regulation of interleukin-8 production / cell projection / response to insulin / lipopolysaccharide binding / microglial cell activation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to type II interferon / positive regulation of interleukin-6 production / response to toxic substance / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of tumor necrosis factor production / Modulation by Mtb of host immune system / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / ER-Phagosome pathway / cell body / defense response to virus / response to ethanol / response to hypoxia / receptor complex / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / inflammatory response / membrane raft / negative regulation of cell population proliferation / innate immune response / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / protein-containing complex binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / cell surface / Golgi apparatus / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Leucine rich repeat C-terminal domain / Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / Toll-like receptor / : / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / TIR domain / Leucine Rich Repeat ...Leucine rich repeat C-terminal domain / Variable lymphocyte receptor, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3439) / Toll-like receptor / : / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / TIR domain / Leucine Rich Repeat / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Toll - interleukin 1 - resistance / Leucine-rich repeats, bacterial type / TIR domain profile. / Alpha-Beta Horseshoe / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Toll-like receptor 2 / Variable lymphocyte receptor B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Eptatretus burgeri (ヌタウナギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Lee, J.O. / Jin, M.S. / Kim, S.E. / Heo, J.Y.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of the TLR1-TLR2 Heterodimer Induced by Binding of a Tri-Acylated Lipopeptide
著者: Jin, M.S. / Kim, S.E. / Heo, J.Y. / Lee, M.E. / Kim, H.M. / Paik, S.G. / Lee, H. / Lee, J.O.
履歴
登録2007年8月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 300BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION ...BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON BURIED SURFACE AREA. DETAILS: AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: UNKNOWN

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor 2, Variable lymphocyte receptor B
B: Toll-like receptor 2, Variable lymphocyte receptor B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,6423
ポリマ－79,4202
非ポリマー2211
水4,738263
1
A: Toll-like receptor 2, Variable lymphocyte receptor B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9312
ポリマ－39,7101
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Toll-like receptor 2, Variable lymphocyte receptor B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7101
ポリマ－39,7101
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.269, 101.383, 59.586
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Toll-like receptor 2, Variable lymphocyte receptor B / Toll/interleukin-1 receptor-like protein 4 / CD282 antigen


分子量: 39710.156 Da / 分子数: 2
断片: TLR2, UNP residues 1-284(human), VLRB.61, UNP residues 136-199(Inshore hagfish)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Eptatretus burgeri (ヌタウナギ)
属: Homo, Eptatretus / 生物種: , / 株: , / 遺伝子: TLR2, TIL4, VLRB / プラスミド: pVL1393 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi-5 / 参照: UniProt: O60603, UniProt: Q4G1L2
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.52 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl pH8.5, 28% PEG2000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月10日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 58798 / Num. obs: 57446 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 10.1 Å2 / Rsym value: 0.056
反射 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rsym value: 0.212 / % possible all: 89.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
CNS1.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→39.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 526063.37 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 2907 5.1 %random
Rwork0.22 ---
obs0.22 57446 97.7 %-
all-58798 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.2744 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 15.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.68 Å20 Å2-0.15 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3----0.33 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.06 Å-0.06 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5069 0 14 263 5346
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 472 5.4 %
Rwork0.212 8259 -
obs--89.6 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る