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万見
- PDB-2z6c: Crystal structure of LOV1 domain of phototropin1 from Arabidopsis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z6c
タイトルCrystal structure of LOV1 domain of phototropin1 from Arabidopsis thaliana
要素Phototropin-1
キーワードTRANSFERASE / PAS-FOLD / LOV-FOLD / ATP-binding / Chromophore / Cytoplasm / Flavoprotein / FMN / Kinase / Membrane / Nucleotide-binding / Phosphorylation / Photoreceptor protein / Receptor / Sensory transduction / Serine/threonine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast avoidance movement / chloroplast accumulation movement / cellular response to blue light / regulation of proton transport / phototropism / regulation of stomatal movement / response to blue light / blue light photoreceptor activity / plant-type vacuole / cytoplasmic side of plasma membrane ...chloroplast avoidance movement / chloroplast accumulation movement / cellular response to blue light / regulation of proton transport / phototropism / regulation of stomatal movement / response to blue light / blue light photoreceptor activity / plant-type vacuole / cytoplasmic side of plasma membrane / circadian rhythm / kinase activity / FMN binding / protein autophosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / mRNA binding / cell surface / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain ...PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Phototropin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Nakasako, M. / Matsuoka, D. / Tokutomi, S.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural basis of the LOV1 dimerization of Arabidopsis phototropins 1 and 2
著者: Nakasako, M. / Zikihara, K. / Matsuoka, D. / Katsura, H. / Tokutomi, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of the LOV1 domains of phototropin 1 and 2 from Arabidopsis thaliana
著者: Nakasako, M. / Hirata, M. / Shimizu, N. / Hosokawa, S. / Matsuoka, D. / Oka, T. / Yamamoto, M. / Tokutomi, S.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Light-induced structural changes of LOV domain-containing polypeptides from Arabidopsis phototropin 1 and 2 studied by small-angle X-ray scattering
著者: Nakasako, M. / Iwata, T. / Matsuoka, D. / Tokutomi, S.
#3: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2005
タイトル: Quaternary structure of LOV-domain containing polypeptide of Arabidopsis FKF1 protein
著者: Nakasako, M. / Matsuoka, D. / Zikihara, K. / Tokutomi, S.
履歴
登録2007年7月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phototropin-1
B: Phototropin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3114
ポリマ－28,3982
非ポリマー9132
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-28.5 kcal/mol
Surface area11970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.150, 64.920, 70.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phototropin-1 / Non-phototropic hypocotyl protein 1 / Root phototropism protein 1


分子量: 14199.078 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 180-308, LOV1 domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PHOT1, JK224, NPH1, RPT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O48963, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: ammonium sulfate, pH8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月22日 / 詳細: monochrometer/focusing mirror
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 16967 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 41.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / Rmerge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1N9L

1n9l


解像度: 2.1→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 4.128 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24278 855 5.1 %RANDOM
Rwork0.18892 ---
obs0.19169 16014 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.01 Å20 Å20 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3---0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1878 0 62 140 2080
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221979
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7251.9932680
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3455240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.76424.76284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.54115336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.965158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2294
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021456
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.2857
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.21361
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2040.2144
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1980.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1120.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2881.51238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.03921918
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6263934
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.894.5762
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 54 -
Rwork0.183 1110 -
obs--97.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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