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- PDB-2z61: Crystal structure of MJ0684 from Methanococcus jannaschii reveals... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z61
タイトルCrystal structure of MJ0684 from Methanococcus jannaschii reveals its similarity in the active site to kynurenine aminotransferases
要素Probable aspartate aminotransferase 2
キーワードTRANSFERASE / amino acid aminotransferase / kynurenine aminotransferase / MJ0684 / Cytoplasm / Pyridoxal phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


(5-formylfuran-3-yl)methyl phosphate transaminase / transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...: / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(5-formylfuran-3-yl)methyl phosphate transaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yang, J.K.
引用ジャーナル: BULL.KOREAN CHEM.SOC. / 年: 2008
タイトル: Crystal Structure of MJ0684 from Methanococcus jannaschii, a Novel Archaeal Homolog of Kynurenine Aminotransferase
著者: Yang, J.K.
履歴
登録2007年7月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable aspartate aminotransferase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6251
ポリマ－42,6251
非ポリマー00
水1,56787
1
A: Probable aspartate aminotransferase 2

A: Probable aspartate aminotransferase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,2492
ポリマ－85,2492
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area5590 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area28010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.866, 111.866, 60.862
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Probable aspartate aminotransferase 2 / MJ0684 protein / Transaminase A / ASPAT


分子量: 42624.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanococcus jannaschii (メタン生成菌)
プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58097, aspartate transaminase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.93 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 296 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 20121 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 20.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 36.1
反射 シェル最高解像度: 2.2 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.407 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Rsym value: 0.407 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2→41.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 350372.4 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1943 9.9 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.214 19700 97.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.3932 Å2 / ksol: 0.294153 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.9 Å20 Å20 Å2
2---1.9 Å20 Å2
3---3.81 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→41.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2996 0 0 87 3083
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.821.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.82
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.012
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.452.5
LS精密化 シェル最高解像度: 2.2 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 1943 -
Rwork0.214 0 -
obs-120856 99.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1llp.paramllp.top
X-RAY DIFFRACTION2water.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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