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万見
- PDB-2z4y: S. cerevisiae geranylgeranyl pyrophosphate synthase in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z4y
タイトルS. cerevisiae geranylgeranyl pyrophosphate synthase in complex with magnesium and BPH-252
要素Geranylgeranyl pyrophosphate synthetase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / prenyltransferase / geranylgeranyl pyrophosphate / bisphosphonate / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Cholesterol biosynthesis / geranylgeranyl diphosphate biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate synthase / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / farnesyltranstransferase activity ...Cholesterol biosynthesis / geranylgeranyl diphosphate biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate synthase / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / farnesyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / terpenoid biosynthetic process / prenyltransferase activity / isoprenoid biosynthetic process / protein transport / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(1-HYDROXYNONANE-1,1-DIYL)BIS(PHOSPHONIC ACID) / Geranylgeranyl pyrophosphate synthase BTS1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Chen, C.K.-M. / Guo, R.T. / Hudock, M. / Cao, R. / Oldfield, E. / Wang, A.H.-J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2008
タイトル: Inhibition of geranylgeranyl diphosphate synthase by bisphosphonates: a crystallographic and computational investigation
著者: Chen, C.K.-M. / Hudock, M.P. / Zhang, Y. / Guo, R.-T. / Cao, R. / No, J.H. / Liang, P.-H. / Ko, T.-P. / Chang, T.-H. / Chang, S.-C. / Song, Y. / Axelson, J. / Kumar, A. / Wang, A.H.-J. / Oldfield, E.
履歴
登録2007年6月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Geranylgeranyl pyrophosphate synthetase
B: Geranylgeranyl pyrophosphate synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,5356
ポリマ－78,5982
非ポリマー9374
水7,044391
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8670 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area23990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.952, 116.208, 126.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Geranylgeranyl pyrophosphate synthetase / GGPP synthetase / GGPPSase / Geranylgeranyl diphosphate synthase / BET2 suppressor protein 1


分子量: 39299.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pET32 Xa/LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q12051, heptaprenyl diphosphate synthase, dimethylallyltranstransferase, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase, geranylgeranyl diphosphate synthase
#2: 化合物 ChemComp-252 / (1-HYDROXYNONANE-1,1-DIYL)BIS(PHOSPHONIC ACID) / 1-ヒドロキシノニリデンビスホスホン酸


分子量: 304.214 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H22O7P2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.08M CH3COONa, 16% PEG 4000, 6-10% glycerol, 6-10% 1,2-propanediol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL12B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 40284 / Num. obs: 40023 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 29.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.453 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 3951 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DH4

2dh4


解像度: 2.1→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1942 -RANDOM
Rwork0.181 ---
all-40284 --
obs-38785 96.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.27 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å / Luzzati sigma a obs: 0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4663 0 55 391 5109
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.18 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 199 -
Rwork0.197 --
obs-3538 89.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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